R: получение атрибутов igraph для идентификатора края: медленное выполнение. Есть ли способ сделать это быстрее?

#r #dataframe #igraph #sfnetwork

Вопрос:

Я вычисляю кратчайший путь между 2 точками в sfnetwork my_sfn.

Вычисленный путь состоит из идентификаторов графика, хранящихся в переменных путях, и я и хотел бы, чтобы геометрия (значения gps) была связана с этими идентификаторами.

что делается с:

 coordinates_of_the_path<-mclapply(paths,function(x) cbind(as.data.frame(st_coordinates(igraph::get.edge.attribute(graph = my_sfn, name = "geometry", index = x[1]))),id=x),mc.preschedule=TRUE, mc.cores = n.cores)
 

Весь квартал:

Сначала я получаю открытые данные карты улиц:

 library(sf)
library(tidygraph)
library(sfnetworks)
library(osmdata)
library(parallel)
library(data.table)
library(tictoc)

if ((n.cores <- detectCores()) > 4) n.cores <- 4
setDTthreads(threads = n.cores)

my_osm_data <- opq(bbox = c(11.68771, 47.75233, 12.35058, 48.19743 )) %>%
  add_osm_feature(
    key = 'highway', 
    value = c("trunk", "trunk_link", "primary","primary_link", "secondary", "secondary_link", "tertiary","tertiary_link", "residential", "unclassified")
  ) %>% 
  osmdata_sf(quiet = FALSE)

my_osm_data<-osmdata::osm_poly2line(my_osm_data)
my_roads <- my_osm_data$osm_lines[, c("osm_id","name")]
#my_roads <- st_geometry(my_osm_data$osm_lines)
my_sfn <- as_sfnetwork(my_roads, directed = FALSE, length_as_weight = TRUE)
 

Затем я устанавливаю начальную и конечную точки:

 start_point =st_sfc(st_point(c(11.829831, 48.110075)))
st_crs(start_point) = st_crs(my_sfn)
dest_point =st_sfc(st_point(c(12.20747, y = 47.83937)))
st_crs(dest_point) = st_crs(my_sfn)
 

Проложите путь:

 paths = st_network_paths(my_sfn, from = start_point, to = dest_point)

paths = paths %>%
  slice(1) %>%
  pull(edge_paths) %>%
  unlist()
 

И здесь я хотел бы получить геометрию этого пути.

 coordinates_of_the_path<-mclapply(paths,function(x) cbind(as.data.frame(st_coordinates(igraph::get.edge.attribute(graph = my_sfn, name = "geometry", index = x[1]))),id=x),mc.preschedule=TRUE, mc.cores = n.cores)
 

Но этот последний звонок занимает слишком много времени.
Есть ли способ сделать это быстрее?

Ответ №1:

Я решил эту проблему, используя индекс в последнем столбце в data.frame в качестве индекса для вектора путей

 coordinates_of_the_path<-as.data.frame(st_coordinates(igraph::get.edge.attribute(graph = my_sfn, name = "geometry", index = paths)))
  coordinates_of_the_path<-cbind(coordinates_of_the_path,id=paths[coordinates_of_the_path$L1])