Блог

Мой snakefile выглядит следующим образом.

 rule do00_download_step01_download_:
    input:
        
    output:
        "data/00_download/scores.pqt"
    run:
        from lib.do00_download import do00_download_step01_download_
        do00_download_step01_download_()
rule do00_download_step02_get_the_mean_:
    input:
        "data/00_download/scores.pqt"
    output:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    run:
        from lib.do00_download import do00_download_step02_get_the_mean_
        do00_download_step02_get_the_mean_()
rule do01_corr_step01_correlate:
    input:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    output:
        "data/01_corr/corr.pqt"
    run:
        from lib.do01_corr import do01_corr_step01_correlate
        do01_corr_step01_correlate()
rule do95_plot_step01_correlations:
    input:
        "data/01_corr/corr.pqt"
    output:
        "plot/heatmap.png"
    run:
        from lib.do95_plot import do95_plot_step01_correlations
        do95_plot_step01_correlations()
rule do95_plot_step02_plot_dist:
    input:
        "data/00_download/cleaned.pqt"
    output:
        "plot/dist.png"
    run:
        from lib.do95_plot import do95_plot_step02_plot_dist
        do95_plot_step02_plot_dist()
rule do99_figures_step01_make_figure:
    input:
        "plot/dist.png"
        "plot/heatmap.png"
    output:
        "figs/fig01.svg"
    run:
        from lib.do99_figures import do99_figures_step01_make_figure
        do99_figures_step01_make_figure()
rule all:
    input:
        "figs/fig01.svg"
 

Я расположил правила последовательно, надеясь, что это обеспечит выполнение всех шагов в таком порядке. Однако, когда я запускаю snakemake , он запускает только первое правило, а затем завершает работу.

Я индивидуально проверил все шаги (функции, которые я импортирую), если они работают хорошо, пути к входным и выходным файлам. Все выглядит нормально. Поэтому я предполагаю, что проблема в том, как я отформатировал snakefile. Я новичок snakemake (начальный уровень). Поэтому было бы очень полезно, если бы кто-нибудь указал, как я должен исправить эту проблему.

Это предполагаемое поведение. Вот соответствующий раздел из документов:

Более того, если в командной строке не задано целевое значение, Snakemake определит первое правило Snakefile в качестве целевого. Следовательно, лучше всего иметь правило all в верхней части рабочего процесса, которое содержит все обычно требуемые целевые файлы в качестве входных файлов. Предполагается, что выходные данные первого правила являются целевыми.

Если вы переместите rule all: в начало своего Snakefile, он должен работать так, как ожидалось.