Блог

Я хочу попытаться визуализировать данные, используя networkx в качестве сетевого графика. Мои данные выглядят великолепно, но я хочу добавить события при наведении курсора мыши и при нажатии для отображения дополнительной информации. Например, может быть узел с именем «Нью-Йорк», при нажатии на который будет отображаться небольшая таблица сбоку от холста, в которой содержится информация о том, сколько городов, текущее население и т. Д. В настоящее время я использую pyviz с networkx. Это кажется действительно простым в плане создания графика, но не столько в отношении того взаимодействия с пользователем, которое я ищу.

Я также пробовал bokeh и plotly, но функции on click и hover во время работы не очень просто реализовать с networkx. Вот изображение того, как выглядит мой график. Моя цель — показать взаимосвязи между системами.

график pyvis

Я поддерживаю библиотеку python для визуализации сети под названием netgraph, которая прекрасно работает с объектами networkx или igraph Graph . Я подумал, что это отличная идея для функции, поэтому я просто внедрил версию с голыми костями в dev ветке.

Установка через pip:

 pip install https://github.com/paulbrodersen/netgraph/archive/dev.zip
 

Код для воспроизведения приведенного выше примера:

 import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd
import networkx as nx

from netgraph import InteractiveGraph

g = nx.cubical_graph()

tables = dict()
for node in g.nodes:
    data = np.round(np.random.rand(3,2), decimals=2)
    table = pd.DataFrame(data, index=['Lorem', 'ipsum', 'dolor'], columns=['sit', 'amet'])
    tables[node] = table

for edge in g.edges:
    data = np.round(np.random.rand(4,1), decimals=2)
    table = pd.DataFrame(data, index=['consectetur', 'adipiscing', 'elit', 'Mauris'], columns=['sed'])
    tables[edge] = table

fig, ax = plt.subplots(figsize=(12,5))
fig.subplots_adjust(right=0.6) # make space for table on the right
bbox = [1.5, 0.1, 0.5, 0.8] # position of the table in axes coordinates
instance = InteractiveGraph(g, node_labels=True, tables=tables, table_kwargs=dict(edges='horizontal', fontsize=16, bbox=bbox), ax=ax)
plt.show()
 

Взгляните на kglab проект, который представляет собой уровень абстракции с открытым исходным кодом на Python, который объединяет оба NetworkX и PyVis , наряду с другими библиотеками, связанными с графами, на Python. Он был создан для такого варианта использования.

Существует класс kglab.KnowledgeGraph , который имеет преобразования и обратные преобразования для работы с этими другими библиотеками:

• NetworkX примеры https://derwen.ai/docs/kgl/ex6_0 /
• PyVis примеры https://derwen.ai/docs/kgl/ex3_0 /

Например, вы могли бы:

1. построение графика с использованием KnowledgeGraph объекта
2. преобразование для запуска NetworkX алгоритмов графа
3. используйте обратное преобразование для заполнения вычисляемых атрибутов в главном объекте graph
4. преобразование для загрузки и запуска PyVis интерактивного сеанса, который, в свою очередь, может иметь интерактивные компоненты

У нас есть записные книжки Jupyter в репозитории GH, показывающие каждый из этих шагов. плюс сообщество разработчиков, где другие люди могут помочь в конкретном случае использования (создать проблему GH)