RMarkdown: как передать аргументы в блок bash, определенный как переменные в R?

#r #bash #r-markdown

Вопрос:

Я хочу использовать переменные, определенные в среде R, в качестве аргумента в блоке bash. Есть ли какой-нибудь способ сделать это?

Например, в приведенных ниже примерах я хочу использовать R для определения пути к скрипту и передачи его в качестве аргумента в bash:

 ```{r}
path_to_script <- glue("{here::here()}/bash_scripts/script.sh")
```

```{bash}
bash  **path_to_script**
```

Ответ №1:

Я не думаю, bash что движок knitr выполняет какие-либо замены, но вы должны иметь возможность записывать в переменную среды и использовать ее из bash.

Например,

 ---
title: "Untitled"
date: "09/12/2021"
output: html_document
---


```{r}
msg <- shQuote("This is a message from R.")
Sys.setenv(R_MESSAGE = msg)
```

```{bash}
echo $R_MESSAGE
```

который выдает этот вывод:

Я добавил shQuote() вызов после прочтения комментария @Fravadona: это определенно действительно хорошая идея, поскольку создаваемый вами путь может содержать пробелы или другие специальные символы.

1. Нет, shQuote не требуется для вашего метода, то есть, если вы расширяете переменную среды внутри двойных кавычек: echo "$R_MESSAGE"

2. @Fravadona, я думал о примере Олега, где текст в переменной среды может содержать символы, которые bash будут восприниматься как особые. Будет bash "$R_MESSAGE" ли игнорировать их или действовать на них?

3. Это зависит от того, когда $R_MESSAGE расширяется: если это перед вызовом bash, тогда вам понадобится shQuote . если он расширен с помощью bash, тогда достаточно двойных кавычек

Ответ №2:

Спасибо @user2554330 за ваше предложение. Действительно, похоже, что это работает так, как я объяснил в своем вопросе. Однако здесь было предложено немного более простое решение. А именно, не используйте фрагмент bash, а вместо этого создайте строку с полной командой и передайте ее system() функции в R. В этом случае я могу делать все в одной среде.

 ```{r}
path_to_script <- glue("{here::here()}/bash_scripts/script.sh")
arg1 <- "something"
full_command <- glue("bash {path_to_script} {arg1}")
system(full_command)
```

1. Да, это было бы предпочтительнее, но не пропускайте цитирование с shQuote() помощью . Если here::here() возвращает что-то, содержащее специальные символы (например, пробелы будут довольно распространены в Windows), оно не будет выполнено должным образом.