Блог

Главная - Вопросы по программированию - большое количество пакетов, подключенных в новом сеансе R

большое количество пакетов, подключенных в новом сеансе R

#r #startup #rprofile

#r #запуск #rprofile

Вопрос:

[Env: Windows 7, R версии 3.6.3]

Что-то случилось с моей установкой R GUI, так что, когда я запускаю R с помощью значка на рабочем столе, большое количество пакетов автоматически загружается пространством имен (не прикреплено).

Почему это проблема: когда я пытаюсь обновить пакеты, те, которые уже подключены, приводят к сбою обновления.

Вот как это выглядит в «новом сеансе»

 > sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] myutil_1.6-0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] magrittr_2.0.1    usethis_2.0.0     devtools_2.3.2    pkgload_1.1.0    
 [5] R6_2.5.0          rlang_0.4.10      fastmap_1.0.1     fansi_0.4.2      
 [9] tools_3.6.3       pkgbuild_1.2.0    sessioninfo_1.1.1 cli_2.2.0        
[13] withr_2.4.1       ellipsis_0.3.1    remotes_2.2.0     assertthat_0.2.1 
[17] rprojroot_2.0.2   lifecycle_0.2.0   crayon_1.3.4      processx_3.4.5   
[21] purrr_0.3.4       callr_3.5.1       fs_1.5.0          ps_1.5.0         
[25] testthat_3.0.1    memoise_2.0.0     glue_1.4.2        cachem_1.0.1     
[29] compiler_3.6.3    desc_1.2.0        prettyunits_1.1.1 jsonlite_1.7.2   
>

У меня есть свой собственный локальный пакет, myutil который загружается my .Rprofile , но который не загружает / не прикрепляет другие пакеты.

Каким-то образом я думаю, что должен быть создан кэш пакетов. Как я могу отменить это и восстановить мою систему до состояния без этих загруженных в пространство имен пакетов?

Отредактируйте в ответ на @r2evans, вот это информация ОБ ОПИСАНИИ. Я не уверен, как jsonlite попал в Imports, но это все.

 > packageDescription("myutil")
Package: myutil
Type: Package
Title: My utility functions
Version: 1.6-0
Date: 2017-10-01
Author: Michael Friendly
Maintainer: Michael Friendly <friendly@yorku.ca>
Description: A collection of my utility functions for Rgui, prepared as
        a package.
License: GPL-2
Collate: 'man.R' 'myutil.R' 'rgb2col.R' 'sourceDir.R' 'ls.objects.R'
        .....
Imports: jsonlite
RoxygenNote: 6.0.1
RemoteType: github
RemoteHost: api.github.com
RemoteRepo: myutil
RemoteUsername: friendly
RemoteRef: master
RemoteSha: 1edae954e8e6b00323f6bc84f1902a791dd2b633
GithubRepo: myutil
GithubUsername: friendly
GithubRef: master
GithubSHA1: 1edae954e8e6b00323f6bc84f1902a791dd2b633
NeedsCompilation: no
Packaged: 2020-03-20 19:38:36 UTC; friendly
Built: R 3.6.3; ; 2020-03-20 19:38:36 UTC; windows

Комментарии:

1. Все, что myutil будет загружено вашим импортом. Есть ли myutil какой — либо Imports: / Depends: in DESCRIPTION , или , возможно import(.) , или importFrom(.,.) in NAMESPACES ? (Технически, первое всегда должно иметь место, если последнее присутствует, но они не связаны программно.)

2. Как именно выглядит ваш .Rprofile файл? Если вы закомментируете все и снова откроете R, избавится ли это от всех подключенных пакетов в новом сеансе R?

3. @MrFlick Хорошее предложение. Если я удалю строку, которая загружается myutil , ни один из этих пакетов не будет загружен (кроме compiler amp; tools ). Единственный Imports: в этом пакете jsonlite . Я не понимаю, как / почему это приводит к загрузке ~ 30 пакетов в пространство имен.

Метки: