Блог

У меня есть несколько фреймов данных в R, которые необходимо обрабатывать одинаково. Выходные данные необходимо распечатать в отдельные файлы. Это работает в принципе, но я не смог автоматически назначить имя каждого фрейма данных в качестве соответствующего имени файла.

Я пробовал разные подходы, но я продвинулся дальше всего, объединив фреймы данных в список, например:

 # Load libraries
library(tidyverse)
library(pheatmap)

# Make data frames and combine in list
df1 <- data.frame("Aa" = sample(LETTERS, 5), "Bb" = 1:5, "Cc" = 3:7)
df2 <- data.frame("Aa" = sample(LETTERS, 10), "Dd" = 8:17, "Ee" = 12:21)
dflist <- list(df1, df2)

# Assign names back to data frames in list
names(dflist) <- c("df1", "df2")

# Create heatmap with each data frame and save as separate pdf file:
lapply(dflist, function(x){
  x_dflist_heatmap <- column_to_rownames(x, var = "Aa")
  pdf(paste0("heatmap_", x, ".pdf"))
  pheatmap(x_dflist_heatmap, scale = "row", main = paste0(x))
  dev.off()
})
 

Это дает два файла pdf с правильными тепловыми картами и очень полезными именами heatmap_c(2, 5, 1, 4, 3). pdf и тепловая карта_c(3, 9, 6, 10, 5, 2, 7, 1, 4, 8). pdf.

Я предполагаю, что проблема в том, что я говорю R перечислить фактический фрейм данных, а не его имя, но я не знаю, как это решить. Использование имен (x) интерпретируется как использование имен столбцов каждого фрейма данных. Дополнительный вопрос: это менее критично, но если бы кто-нибудь мог сообщить мне, как я могу добавить вновь созданные фреймы данных, соответствующие «x_dflist_heatmap», в мою среду данных R, это было бы действительно здорово.

Спасибо за вашу помощь!!

Спасибо вам обоим за ввод! Я думаю, что это более или менее то, что вы предложили, и это работает отлично:

 # Load libraries
library(tidyverse)
library(pheatmap)

# Make data frames and combine in list
df1 <- data.frame("Aa" = sample(LETTERS, 5), "Bb" = 1:5, "Cc" = 3:7)
df2 <- data.frame("Aa" = sample(LETTERS, 10), "Dd" = 8:17, "Ee" = 12:21)
dflist <- list(df1, df2)

# Assign names back to data frames in list
names(dflist) <- c("df1", "df2")

# Create vector with the names of the data frames in dflist
dflist_names <- names(dflist)

# Modify the list of data frames for use with pheatmap and save as a new list
dflist_heatmap <- lapply(dflist, function(x){
  x <- column_to_rownames(x, var = "Aa")
})

# Create separate pdf file for each data frame, using dflist_heatmap to generate the heatmap and dflist_names to name it
for(i in 1:length(dflist_names)){
  pdf(paste0("heatmap_", dflist_names[[i]], ".pdf"))
  pheatmap(dflist_heatmap[[i]], scale = "row", main = dflist_names[[i]])
  dev.off()
}