Блог

Я работаю над созданием графика geom_col, который имеет цвета заливки в соответствии с категориями таксонов, а x будет группой, а y — изобилием, это мой код:

 sig_counts_rowsample <- data.frame(t(sig_counts))%>%
        merge(.,anno_col,by=0)%>%
        pivot_longer(.,cols=2:(length(.)-1), names_to = "taxa", values_to = "abundance")
      options(scipen=10000)
      p<-ggplot(sig_counts_rowsample)  
        geom_col(aes(x=Group, y=abundance,fill=factor(taxa,levels=bar_sorting)),position = "position_stack(reverse = TRUE)") 
        scale_fill_discrete(name = "Taxa")
      output_name<-paste("Group_statistics/Sig_abundance",mtype,"barplot.svg",sep="_")
      ggsave(output_name,plot=p,device="svg",units="cm",width=35,height=18)
 

вот как выглядит фрейм данных:

 > sig_counts_rowsample
# A tibble: 1,491 x 4
   Row.names Group taxa                                 abundance
   <I<chr>>  <fct> <chr>                                    <dbl>
 1 L1-0      L0    g__Desulfallas_s__gibsoniae                0  
 2 L1-0      L0    g__Streptococcus_s__thermophilus           0  
 3 L1-0      L0    g__Streptococcus_s__agalactiae             0  
 4 L1-0      L0    g__Streptococcus_s__acidominimus           0  
 5 L1-0      L0    g__Clostridium_s__cellulovorans          358. 
 6 L1-0      L0    g__Lactobacillus_s__reuteri               30.4
 7 L1-0      L0    g__Lactobacillus_s__sakei                 40.7
 8 L1-0      L0    g__Lactobacillus_s__alimentarius          49.6
 9 L1-0      L0    g__Hungateiclostridium_s__saccincola       0  
10 L1-0      L0    g__Corynebacterium_s__ammoniagenes        39.2
 

Я внес некоторые изменения, чтобы упорядочить порядок заливки цветов и полос. это мой вывод в формате jpg:

Однако, когда я сохраняю ее в формате svg (как в приведенном выше коде), рамка будет действительно очевидной, и я хочу, чтобы она выглядела так же, как изображение в формате jpg, как мне это сделать?

это скриншот вывода svg (потому что я не могу загрузить svg-файл здесь)

Я предполагаю, что белые линии — это просто белый цвет по умолчанию. В этом случае добавление color=factor(taxa,levels=bar_sorting) должно сработать.

Удачи!