Блог

Каково значение p для каждого отдельного теста в моей функции prop.test? (См. Код ниже).

При выполнении нескольких тестов (в данном случае k = 10 000 тестов) я хочу найти альфа-значение для каждого отдельного теста в prop.test, поскольку оно, очевидно, не равно 0,05. Функция prop.test должна каким-то образом корректировать значение p.

Прочитав в Интернете и в R (набрав prop.test в консоли), я не нашел ответа на то, что такое p-значение и как его получить. Я понимаю, что ввод prop.test в консоли может помочь, но я попробовал и не смог понять prop.test-код достаточно хорошо, чтобы понять, что такое альфа (для отдельного теста). Следовательно, я был бы признателен, если бы кто-нибудь мог объяснить, как я могу получить это число для alpha (для отдельных тестов).

Заранее большое спасибо, / Pedram

 k <- 10000

pH0 <- 1:k
pH1 <- 1:k
nA <- 4000
nB <- 4000
p0 <- 0.01
p1 <- 2*p0

a = 0.05
pD = a

for(i in 1:k)
{
      x1 <- rbinom(1,nA,p0)
      x2 <- rbinom(1,nB,p0)
      y <- rbinom(1,nA,p1)

      pH0[i] <- prop.test(c(x1,x2),c(nA,nB))$p.value < pD
      pH1[i] <-prop.test(c(x1,y),c(nA,nA))$p.value < pD 
}
print(paste("FDR =",sum(pH0)/sum(pH0 pH1)))
print(paste("True positives =",sum(pH1)/k))
print(paste("FWER =",(1-((1-pD)^k)))
 

Альфа-уровень по умолчанию равен 0,5, если вы не укажете conf.level что-то другое, кроме 0.95 :

 prop.test(x, n, p = NULL,
          alternative = c("two.sided", "less", "greater"),
          conf.level = 0.95, correct = TRUE)
 

conf.level такое же, как 1-alpha . Приведенный выше блок кода взят из меню справки RStudio.