Блог

Выполнялась локальная установка GNU Parallel на виртуальном сервере Ubuntu:

 $uname -a
Linux #### 2.6.32-43-server #97-Ubuntu SMP Wed Sep 5 16:56:41 UTC 2012 x86_64 GNU/Linux
 

при параллельном запуске я получаю следующую ошибку в STDERR:

 $parallel echo ::: A B C
Error unlinking file ./rTrUcTv2ZS using unlink0 at /home/######/bin/parallel line 5529
 

Есть предложения о том, что это значит и как это исправить?

Вещи, которые я уже изучил:

• разрешения У меня есть разрешения на чтение и запись для всех файлов и в каталоге.
• неправильная установка Это может быть неправильная установка. Для установки я использовал ./configure --prefix=$HOME . Вот вывод configure.log:

   This file contains any messages produced by compilers while
  running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.
  
  It was created by parallel configure 20140622, which was
  generated by GNU Autoconf 2.69.  Invocation command line was
  
  $ ./configure --prefix=/home/######
  
  ## --------- ##
  ## Platform. ##
  ## --------- ##
  
  hostname = ######
  uname -m = x86_64
  uname -r = 2.6.32-43-server
  uname -s = Linux
  uname -v = #97-Ubuntu SMP Wed Sep 5 16:56:41 UTC 2012
  
  /usr/bin/uname -p = unknown
  /bin/uname -X     = unknown
  
  /bin/arch              = unknown
  /usr/bin/arch -k       = unknown
  /usr/convex/getsysinfo = unknown
  /usr/bin/hostinfo      = unknown
  /bin/machine           = unknown
  /usr/bin/oslevel       = unknown
  /bin/universe          = unknown
   

Любопытно, что отсутствует uname -p .
lscpu показывает:

 Architecture:          x86_64
CPU op-mode(s):        64-bit
CPU(s):                48
Thread(s) per core:    1
Core(s) per socket:    12
CPU socket(s):         4
NUMA node(s):          8
Vendor ID:             AuthenticAMD
CPU family:            16
Model:                 9
Stepping:              1
CPU MHz:               800.000
Virtualization:        AMD-V
L1d cache:             64K
L1i cache:             64K 
L2 cache:              512K
L3 cache:              5118K
 

Вы не написали, какую версию используете, но строка, вызывающая проблему, вероятно:

         $disk_full_fh = ::tempfile();
 

Который позже используется для проверки возможности записи дополнительных данных в файловую систему буферизации.

Довольно удивительно, что это может вызвать какие-либо проблемы, поскольку tempfile() широко используется GNU Parallel. Возможно, вы захотите выполнить процедуру подачи отчета об ошибке (см. LESS= /^REPORTING man parallel ).

Мое лучшее предположение заключается в том, что $TMPDIR (который по умолчанию равен /tmp ) является каким-то особенным в вашей системе. Попробуйте использовать —tmpdir и установите для него другой каталог.

Оказывается, ошибка отключения — это конфликт между файловой системой NFS моего домашнего каталога и использованием parallel модуля File::Temp:

> «Наконец, в файловых системах NFS количество ссылок в дескрипторе файла не всегда обнуляется сразу после разъединения. В настоящее время ожидается сбой этой команды на дисках NFS «.

Файл perldoc::Временный модуль

Чтобы исправить ситуацию, я попросил у своего системного администратора привязанный каталог на томе, содержащий корневую папку, которая находилась в файловой системе ext4. Затем я добавил добавил это в свои переменные среды в $ TMPDIR с:

 export TMPDIR=/to/the/directory
 

Я также добавил эту строку в .bash_profile

Теперь я смог воспроизвести ошибку. Это исправлено в новейшей версии git и будет включено в версию 20140922 (исправление сумасшедшее, но, похоже, оно работает).

Пожалуйста, проверьте это.