Блог

Я новичок в Python, есть ли в BioPython какая-либо функция для вычисления вектора атома, заданного в файле PDB, передавая координаты в качестве входных данных?

[ИЛИ]

Существует ли функция BioPython для извлечения координат отдельно из файла PDB?

Для атомов есть такой метод, и, что удивительно, он называется get_vector() .

 from Bio.PDB import PDBParser


p = PDBParser()
s = p.get_structure("4K5Y", "4K5Y.pdb")                    

for chains in s:
    for chain in chains:
        for residue in chain:                             
            for atom in residue:
                print(atom.get_vector())
 

После этого у вас есть несколько методов, доступных для каждого Vector объекта, описанного здесь