Блог

Главная - Вопросы по программированию - как заменить алфавит «L» на алфавит «H» в определенном столбце с определенным количеством строк?

как заменить алфавит «L» на алфавит «H» в определенном столбце с определенным количеством строк?

#shell #awk #sed

#оболочка #авк #sed

Вопрос:

я хочу заменить алфавит «L» на алфавит «H» в coulmn 5 и начальную строку с 2334 по 2343. как я могу это сделать

 ATOM   2328  C   PRO H 216       2.775  27.948  31.304  1.00 54.68           C  
ANISOU 2328  C   PRO H 216     6662   6876   7238    231   -273   -901       C  
ATOM   2329  O   PRO H 216       3.081  27.188  32.221  1.00 33.86           O  
ANISOU 2329  O   PRO H 216     4076   4302   4486    297   -305   -920       O  
ATOM   2330  CB  PRO H 216       0.348  28.666  31.322  1.00 32.21           C  
ANISOU 2330  CB  PRO H 216     3856   4070   4311    245   -165   -866       C  
ATOM   2331  CG  PRO H 216      -0.233  27.810  32.376  1.00 35.76           C  
ANISOU 2331  CG  PRO H 216     4380   4616   4590    319   -134   -850       C  
ATOM   2332  CD  PRO H 216      -0.205  26.395  31.831  1.00 29.01           C  
ANISOU 2332  CD  PRO H 216     3545   3784   3691    274    -64   -735       C  
TER    2333      PRO H 216                                                      
ATOM   2334  N   ASP L   1      12.679   9.090 -25.911  1.00 24.97           N  
ANISOU 2334  N   ASP L   1     3340   2560   3588     66     89   -196       N  
ATOM   2335  CA  ASP L   1      11.386   9.008 -25.214  1.00 22.13           C  
ANISOU 2335  CA  ASP L   1     3001   2290   3117     87     13   -178       C  
ATOM   2336  C   ASP L   1      10.586  10.270 -25.405  1.00 24.75           C  
ANISOU 2336  C   ASP L   1     3332   2595   3476    107     45   -149       C  
ATOM   2337  O   ASP L   1      11.150  11.366 -25.533  1.00 25.78           O  
ANISOU 2337  O   ASP L   1     3423   2631   3741    109    104   -176       O  
ATOM   2338  CB  ASP L   1      11.594   8.775 -23.699  1.00 23.18           C  
ANISOU 2338  CB  ASP L   1     3081   2475   3250    109    -77   -274       C  
ATOM   2339  CG  ASP L   1      12.293   7.471 -23.340  1.00 26.65           C  
ANISOU 2339  CG  ASP L   1     3535   2947   3645    108   -126   -303       C  
ATOM   2340  OD1 ASP L   1      12.541   6.650 -24.258  1.00 24.18           O  
ANISOU 2340  OD1 ASP L   1     3268   2622   3300     81    -97   -250       O  
ATOM   2341  OD2 ASP L   1      12.537   7.243 -22.126  1.00 26.04           O  
ANISOU 2341  OD2 ASP L   1     3432   2911   3553    145   -200   -379       O  
ATOM   2342  N   ILE L   2       9.260  10.129 -25.359  1.00 19.52           N  
ANISOU 2342  N   ILE L   2     2706   2012   2698    123      3   -103       N  
ATOM   2343  CA  ILE L   2       8.371  11.280 -25.505  1.00 19.22           C  
ANISOU 2343  CA  ILE L   2     2671   1960   2672    154     16    -82       C  
.
.
.
.
HETATM 4661  O   HOH L2236       8.200  18.486   2.750  1.00 58.70           O  
HETATM 4662  O   HOH L2237       2.087  16.407   1.748  1.00 45.02           O  
HETATM 4663  O   HOH L2238       1.933  41.087   7.631  1.00 31.01           O  
HETATM 4664  O   HOH L2239       4.744  42.515  11.051  1.00 60.18           O  
HETATM 4665  O   HOH L2240       2.258  41.306  12.333  1.00 45.78           0

ожидаемые результаты

 ATOM   2328  C   PRO H 216       2.775  27.948  31.304  1.00 54.68           C  
ANISOU 2328  C   PRO H 216     6662   6876   7238    231   -273   -901       C  
ATOM   2329  O   PRO H 216       3.081  27.188  32.221  1.00 33.86           O  
ANISOU 2329  O   PRO H 216     4076   4302   4486    297   -305   -920       O  
ATOM   2330  CB  PRO H 216       0.348  28.666  31.322  1.00 32.21           C  
ANISOU 2330  CB  PRO H 216     3856   4070   4311    245   -165   -866       C  
ATOM   2331  CG  PRO H 216      -0.233  27.810  32.376  1.00 35.76           C  
ANISOU 2331  CG  PRO H 216     4380   4616   4590    319   -134   -850       C  
ATOM   2332  CD  PRO H 216      -0.205  26.395  31.831  1.00 29.01           C  
ANISOU 2332  CD  PRO H 216     3545   3784   3691    274    -64   -735       C  
TER    2333      PRO H 216                                                      
ATOM   2334  N   ASP H   1      12.679   9.090 -25.911  1.00 24.97           N  
ANISOU 2334  N   ASP H   1     3340   2560   3588     66     89   -196       N  
ATOM   2335  CA  ASP H   1      11.386   9.008 -25.214  1.00 22.13           C  
ANISOU 2335  CA  ASP H   1     3001   2290   3117     87     13   -178       C  
ATOM   2336  C   ASP H   1      10.586  10.270 -25.405  1.00 24.75           C  
ANISOU 2336  C   ASP H   1     3332   2595   3476    107     45   -149       C  
ATOM   2337  O   ASP H   1      11.150  11.366 -25.533  1.00 25.78           O  
ANISOU 2337  O   ASP H   1     3423   2631   3741    109    104   -176       O  
ATOM   2338  CB  ASP H   1      11.594   8.775 -23.699  1.00 23.18           C  
ANISOU 2338  CB  ASP H   1     3081   2475   3250    109    -77   -274       C  
ATOM   2339  CG  ASP H   1      12.293   7.471 -23.340  1.00 26.65           C  
ANISOU 2339  CG  ASP H   1     3535   2947   3645    108   -126   -303       C  
ATOM   2340  OD1 ASP H   1      12.541   6.650 -24.258  1.00 24.18           O  
ANISOU 2340  OD1 ASP H   1     3268   2622   3300     81    -97   -250       O  
ATOM   2341  OD2 ASP H   1      12.537   7.243 -22.126  1.00 26.04           O  
ANISOU 2341  OD2 ASP H   1     3432   2911   3553    145   -200   -379       O  
ATOM   2342  N   ILE H   2       9.260  10.129 -25.359  1.00 19.52           N  
ANISOU 2342  N   ILE H   2     2706   2012   2698    123      3   -103       N  
ATOM   2343  CA  ILE H   2       8.371  11.280 -25.505  1.00 19.22           C  
ANISOU 2343  CA  ILE H   2     2671   1960   2672    154     16    -82       C  
.
.
.
.
HETATM 4661  O   HOH L2236       8.200  18.486   2.750  1.00 58.70           O  
HETATM 4662  O   HOH L2237       2.087  16.407   1.748  1.00 45.02           O  
HETATM 4663  O   HOH L2238       1.933  41.087   7.631  1.00 31.01           O  
HETATM 4664  O   HOH L2239       4.744  42.515  11.051  1.00 60.18           O  
HETATM 4665  O   HOH L2240       2.258  41.306  12.333  1.00 45.78           0

Комментарии:

1. Вы указываете номер строки 2334 2343 или строки, в которых столбец #2 содержит значение от 2334 до 2343 ?

2. Что вы подразумеваете под номером строки? Представляет ли оно число в столбце 2?

3. «Алфавит» — это A ..Z, отдельный элемент называется «буква».

Ответ №1:

Это работает для вашего входного примера:

 sed '/2334/,/ANISOU 2343/s/ L / H /'

Обратите внимание, что он не проверяет номер столбца, для этого может потребоваться изменить выражение.

Ответ №2:

Использование sed :

 sed '2334,2343s/(([^ ]* ){4})L/1 H/' input

Ответ №3:

Вы можете использовать sed :

 sed '2334,2343s/([^ ]*  )L/1H/' input.txt

Ответ №4:

Для этого вы можете использовать awk:

 awk 'NR>=2334 amp;amp; NR<=2343 {gsub(/L/, "H", $5)} 1' file

Комментарии:

1. Это изменяет форматирование строки при попадании.

2. Да, если форматирование и интервал важны, то вывод awk может быть передан с column -t

3. это меняет мой формат таким образом. я хочу, чтобы это было в формате, указанном выше. ATOM 2334 N ASP H 1 12.679 9.090 -25.911 1.00 24.97 N ANISOU 2334 N ASP H 1 3340 2560 3588 66 89 -196 N ATOM 2335 CA ASP H 1 11.386 9.008 -25.214 1.00 22.13 C ANISOU 2335 CA ASP H 1 3001 2290 3117 87 13 -178 C ATOM 2336 C ASP H 1 10.586 10.270 -25.405 1.0024.75 C ANISOU 2336 C ASP H 1 3332 2595 3476 107 45 -149 C ATOM 2337 O ASP H 1 11.150 11.366 -25.533 1.00 25.78 O ANISOU 2337 O ASP H 1 3423 2631 3741 109 104 -176 O ATOM 2338 CB ASP H 1 11.594 8.775 -23.699 1.00 23.18 C

4. Вы можете использовать: awk 'NR>=2334 amp;amp; NR<=2343 {gsub(/L/, "H", $5)} 1' file | column -t чтобы все это отформатировать.

Ответ №5:

Попробуйте выполнить эту команду awk,

 awk '$2>=2334 amp;amp; $2<=2343 {gsub(/L/,"H",$5)}1' file

Комментарии:

1. Это изменяет форматирование строки при попадании, и это просто переписанное решение anubhava . Неясно, означает ли OP номер строки или данные в столбце #2

2. @Jotne да, он имеет в виду номер строки как $ 2.

3. Я не уверен, пишет он starting row from 2334 till 2343 . Строка — это строка?

4. попробуйте awk '$2>=2334 amp;amp; $2<=2343 {gsub(/L/,"H",$5)}1' file | column -t

Метки: