Блог

Я пытаюсь распечатать предопределенную последовательность из входного файла pdb на python, но я не получаю ожидаемого результата. Я новичок в python, и у меня также есть каталог импорта, но он не работает. ничего не отображается (не удается найти ошибку). Он просто работает без какого-либо вывода.

 import os

os.chdir('C:UsersVishnuDesktopTest_folderInput')


for path, dirs, pdbfile in os.walk('/C:UsersVishnuDesktopTest_folderInput'):
for line in pdbfile:
    if line[:6] != "HETATM":
        continue
    chainID = line[21:22]
    atomID = line[13:16].strip()
    if chainID not in ('A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H'):
        continue
    if atomID not in ('C4B', 'O4B', 'C1B', 'C2B', 'C3B'):
        continue
    with open('C:UsersVishnuDesktopTest_folderInput', 'r') as fh:
        new = [line.rstrip() for line in fh]
    with open('C:UsersVishnuDesktopTest_folderOutput', 'w') as fh:
        [fh.write('%sn' % line) for line in new]
        fh.write((line.rstrip()))
 

Ожидаемый результат:

 HETATM 3788  C4B NAI A 302      52.695  15.486   8.535  1.00 57.28           C  
HETATM 3789  O4B NAI A 302      52.258  14.631   7.456  1.00 56.26           O  
HETATM 3794  C1B NAI A 302      53.348  13.816   7.022  1.00 53.44           C 
HETATM 3792  C2B NAI A 302      54.537  14.748   7.190  1.00 50.93           C  

HETATM 3789  O4B NAI A 302      52.258  14.631   7.456  1.00 56.26           O  
HETATM 3794  C1B NAI A 302      53.348  13.816   7.022  1.00 53.44           C 
HETATM 3792  C2B NAI A 302      54.537  14.748   7.190  1.00 50.93           C 
HETATM 3790  C3B NAI A 302      54.225  15.525   8.465  1.00 52.99           C  

HETATM 3794  C1B NAI A 302      53.348  13.816   7.022  1.00 53.44           C 
HETATM 3792  C2B NAI A 302      54.537  14.748   7.190  1.00 50.93           C 
HETATM 3790  C3B NAI A 302      54.225  15.525   8.465  1.00 52.99           C  
HETATM 3788  C4B NAI A 302      52.695  15.486   8.535  1.00 57.28           C  
HETATM 3792  C2B NAI A 302      54.537  14.748   7.190  1.00 50.93           C 
HETATM 3790  C3B NAI A 302      54.225  15.525   8.465  1.00 52.99           C  
HETATM 3788  C4B NAI A 302      52.695  15.486   8.535  1.00 57.28           C  
HETATM 3789  O4B NAI A 302      52.258  14.631   7.456  1.00 56.26           O  

HETATM 3790  C3B NAI A 302      54.225  15.525   8.465  1.00 52.99           C  
HETATM 3788  C4B NAI A 302      52.695  15.486   8.535  1.00 57.28           C  
HETATM 3789  O4B NAI A 302      52.258  14.631   7.456  1.00 56.26            O  
HETATM 3794  C1B NAI A 302      53.348  13.816   7.022  1.00 53.44           C 
 

тот же формат и для цепочки B.

Как распечатать предопределенную последовательность? строка [21:22] есть ли идентификатор цепочки, идентификатор цепочки может быть от A до H. Как определить идентификатор цепочки от A до H?

Я не могу печатать последовательно, может кто-нибудь сообщить мне, как напечатать предопределенную последовательность в python?

После ответа:

Я обновил приведенный выше код приведенным ниже кодом:

 n = 4
for chain, atoms in d.items():
    for atom, line in atoms.items():
        for i in range(len(atom)-n 1):
            for j in range(n):
                print d[chain][atomIDs[i j]]
            print
 

Я хочу расширить еще два абзаца, но не получить ожидаемый результат

Вот мои комментарии, объединенные в ответ:

 with open('1AHI.pdb') as pdbfile:
    for line in pdbfile:
        if line[:6] != "HETATM":
            continue
        chainID = line[21:22]
        atomID = line[13:16].strip()
        if chainID not in ('A', 'B'):
            continue
        if atomID not in ('C4B', 'O4B', 'C1B', 'C2B', 'C3B'):
            continue
        ## Either:
        print(line, end='')
        ## Or:
        print(line.rstrip(), end='n')
        ## Or if Python2.x:
        print line.rstrip()
 

Мои первые строки кода были написаны более 10 лет назад для анализа файлов PDB. Не отчаивайтесь. У вас впереди долгое и прекрасное путешествие.

PS Я думаю, что в наши дни mmCIF предпочтительнее PDB… Убедитесь, что вы прочитали спецификации для обоих форматов файлов.

Я обновил ответ, но, пожалуйста, имейте в виду, что этот сайт предназначен для решения конкретных проблем, а не для того, чтобы другие люди выполняли эту работу за вас. Обычно на это смотрят свысока.

 d = {}
chainIDs = ('A', 'B',)
atomIDs = ('C4B', 'O4B', 'C1B', 'C2B', 'C3B', 'C4B')
with open('1AHI.pdb') as pdbfile:
    for line in map(str.rstrip, pdbfile):
        if line[:6] != "HETATM":
            continue
        chainID = line[21:22]
        atomID = line[13:16].strip()
        if chainID not in chainIDs:
            continue
        if atomID not in atomIDs:
            continue
        try:
            d[chainID][atomID] = line
        except KeyError:
            d[chainID] = {atomID: line}

n = 4
for chainID in chainIDs:
    for i in range(len(atomIDs)-n 1):
        for j in range(n):
            print d[chainID][atomIDs[i j]]
        print