#parallel-processing #mpi
#параллельная обработка #mpi
Вопрос:
Я не слишком разбираюсь в параллельных вычислениях, поэтому прошу прощения, если это наивный вопрос.
Я унаследовал распараллеленную версию (C-кодированного) исполняемого файла от старшего коллеги. К сожалению, он не дал мне фактический C-код, поэтому я не могу перекомпилировать или поискать там, чтобы найти, что вызывает эту ошибку.
Моя проблема в том, что при запуске этого исполняемого файла (myexecutable) я получаю сообщение об ошибке:
myexececutable: undefined symbol: ompi_mpi_int
У меня такое чувство, что существует некоторая зависимость от библиотеки, которая не поддерживается, и я указал ПУТЬ к тому месту, где находится материал openmpi (/usr/ lib64/openmpi/bin). Это не помогло.
Любая помощь по этой ошибке будет высоко оценена!
Комментарии:
1. Вы имеете в виду, что они отправили вам только исполняемый файл, а не код для его компиляции? Я не думаю, что это сработает. Попробуйте
lddисполняемый файл, чтобы проверить, правильно ли связаны библиотеки OpenMPI, и убедитесь, что вы/usr/lib64/openmpi/libLD_LIBRARY_PATHтакже добавили их.2. Большое спасибо, @Ed_Smith! Запуск ldd был блестящим планом … теперь, по крайней мере, я вижу недостающие ссылки, так сказать! Слава и спасибо за помощь.
3. Хорошо! Итак, «ldd» дал мне замечательный список того, что где предоставляется, и я заметил, что некоторые библиотеки — это библиотеки, которые я загрузил сам, которые теперь находятся в подкаталоге моего домашнего каталога. Они находятся в LD_LIBRARY_PATH, но мне интересно, не проблема ли в том, что каталог «scratch» в кластере (где должен выполняться мой код) каким-то образом не может найти эти библиотеки. Может быть, мне следует спросить моего системного администратора?
4. Подождите, вы же не пытаетесь работать сами
mpiexecпо себе, не так ли? Вы используетеmpiexecfromopenmpi/binдля запуска исполняемого файла. Путь к библиотеке будет иметь значение при компиляции кода, например, скопируйте код из mpi.deino.net/mpi_functions/mpi_init.html totest.cppи вызовитеmpic test.cpp, затем запустите результирующий исполняемый файл с помощьюmpiexec -n 1 ./a.out. Если это сработает, я думаю, что проблема не вmpiэтом, а в том, что скомпилированный исполняемый файл работает только на компьютере, на котором он был скомпилирован. Вам нужен исходный код…5. Еще раз спасибо за отличную помощь, @Ed_Smith! Я отредактировал свой первоначальный вопрос, чтобы сделать его менее двусмысленным, и я попробовал ваше отличное предложение! пример кода, который вы предложили, скомпилирован и запущен на моей машине. Мне определенно нужно каким-то образом получить исходный код для моего исполняемого файла…