Блог

Главная - Вопросы по программированию - Как использовать use predict() для моделей survreg?

Как использовать use predict() для моделей survreg?

#r #survival-analysis #survival

#r #анализ выживания #Выживание

Вопрос:

Это моя модель:

 library(eha)
fit.aft <- aftreg(formula = Surv(time, status) ~ age   sex, data = kidney,
                  dist = "lognormal")

однако это то, что я вижу, если хочу использовать predict:

 predict(fit.aft)

Ошибка в UseMethod(«предсказать») :
нет применимого метода для ‘predict’, применяемого к объекту класса «c (‘aftreg’, ‘phreg’)»

Может кто-нибудь сообщить мне, как прогнозировать при использовании моделей выживания.

Комментарии:

1. predictSurvProb

Ответ №1:

survreg Функция в {survival} соответствует моделям ускоренного времени отказа, поэтому:

 library(survival)
fit.aft <- survreg(formula = Surv(time, status) ~ age   sex, data = kidney,
                  dist = "lognormal")
predict(fit.aft, type = "lp")

Будет предсказывать линейный предиктор. Если вам нужны прогнозы вероятности выживания, вам нужно использовать другие пакеты, такие как {pec} или {mlr3proba}.

Комментарии:

1. итак, вместо aftreg() я должен использовать survreg, как насчет пропорциональной опасности? есть ли другая функция, которую я должен использовать вместо phreg? Потому что у меня возникли проблемы с применением predict и к phreg.

2. Прежде всего, проблема, с которой вы сталкиваетесь, заключается в том, что {eha} не предоставляет predict функцию, которая не идеальна. Что вы хотите предсказать? Вероятности, линейные предсказатели и т. Д. Если вам нужны вероятности, вы можете использовать predictSurvProb from {ldatools}, который работает только с. aftreg Если вам нужен линейный предиктор, то predict из {survival}, что также влияет на спецификацию модели. {eha} проблематично, потому что это позволяет вам phreg соответствовать распределениям, отличным от PH, например, «loglogistic». Я подозреваю, что они используют реализацию, аналогичную моей {mlr3proba}, которая позволяет прогнозировать проблемы и ошибки.