#r #gam #emmeans
#r #gam #emmeans
Вопрос:
Я хотел бы узнать размеры эффекта моих данных, но когда я использую eff_size() его, требуется sigma и edf по умолчанию. Я назначен на последнее df.residual(gam1) , но я не знаю, что должно быть назначено как sigma ?
Моя ИГРА выглядит примерно так:
library(mgcv)
library(emmeans)
set.seed(123)
n = 500
dat <- data.frame(
"y" = rnbinom( n, size = 2.594, mu = 144.629),
"fac" = as.factor(rep(c("x","y"), n)[1:n]),
"fac2" = as.factor(rep(c("a","b","c"), n)[1:n]),
"fac3" = as.factor(rep(c("p","q","r"), n)[1:n]),
"x1" = rnorm(n, mean = 0, sd=1.02),
"x2" = as.factor(rep(1:5, each = n/5)))
gam1 <- mgcv::gam(y ~ fac*fac2*fac3
s(x2, bs = "re")
s(x1, bs = "tp"), data= dat, family = nb, method = "REML")
Для анализа конкретных взаимодействий я использовал пакет emmeans :
emm2 <- contrast(pairs(emmeans(gam1, ~ fac|fac2|fac3, nesting = NULL)), by = NULL,
method = list( c(1,0,0,0,0,0,0,0,0) - c(0,0,0,0,1,0,0,0,0),
c(1,0,0,0,0,0,0,0,0) - c(0,0,0,0,0,0,0,0,1)))
Код, о котором идет речь, является
eff_size(emm2, edf = df.residual(gam1), sigma = ???, method = "identity")
Комментарии:
1. Я намеренно не предоставил значение по умолчанию для sigma, потому что я думаю, что если люди собираются использовать размеры эффекта, они должны знать, какую ссылку SD они используют — и это включает в себя размышления об этом. Так что подумайте об этом и спрашивайте других по мере необходимости, пока у вас не будет сигмы, которая имеет смысл с точки зрения населения, на которое вы ссылаетесь. Тогда вы поймете, что у вас есть, и сможете быть довольны ответом.