Как создать файл .gephi в NetworkX

#python #networkx #gephi

Вопрос:

Я не могу создать файл .graph из Python, и единственное, что я могу создать, это .gexf файл с:

 networkx.write_gexf(graph, "test.gexf")

Это не сработало с:

 networkx.write_gexf(graph, "test.gephi")

Ответ №1:

Согласно документации NetworkX. Смысл этой функции заключается в том, чтобы:

Запишите G в формате GEXF в path .

С G тем, чтобы быть графом.

Чтобы получить .gephi файл, я бы предложил открыть .gexf полученный из NetworkX с помощью Gephi и сохранить как .gephi .

Шаги в картинках (пример):

Запишите свой график в виде .gexf файла:

 some_graph = nx.path_graph(4)
nx.write_gexf(some_graph, "some_graph.gexf")

Откройте Gephi и выберите Открыть файл графика …:
Выберите Файл> Сохранить как …
Затем выберите формат файла: Файлы Gephi (* .gephi)

Что-то, что нужно иметь в виду:

В соответствии с руководством по быстрому запуску Gephi:

Сохранение вашего проекта [в виде файла .gephi] инкапсулирует все данные и результаты в один файл сеанса.

Формат .gephi файла предназначен для использования в качестве «файла сеанса», а не в качестве файла импорта для Gephi.

Вместо этого проектом Gephi был создан определенный формат файла( .gexf ):

GEXF (формат XML Graph Exchange) — это язык для описания сложных сетевых структур, связанных с ними данных и динамики.

(дополнительную информацию об этом формате файла смотрите здесь)

В сущности…

Если вам нужен график, сохраненный в виде файла, используйте один из этих форматов.
При этом GEXF всегда является наиболее удобным (позволяющим больше возможностей).

Однако, если вам нужно / вы хотите сохранить сеанс после обработки графика с помощью Gephi, используйте .gephi .

Кроме того, примите во внимание разницу в размерах форматов файлов:

Для нашего примера выше:

исходный график в формате GEFX имеет размер 714 байт.
пустой сеанс с тем же графиком GEFX, импортированным в формате GEPHI, имеет размер 8722 байта.

1. спасибо за ваш ответ, но я хочу экспортировать его непосредственно из python

2. Формат .gephi однозначно должен быть открыт с помощью Gephi и не является представлением графика. Но, насколько я могу судить, несколько более сложное представление вашего рабочего пространства в Gephi после открытия графика (в любом из этих поддерживаемых форматов ). Поэтому я сомневаюсь, что есть способ извлечь его непосредственно из Python.

3. Если я смогу получить ссылки для резервного копирования, я добавлю эту информацию в ответ

4. Проверьте последнее редактирование, если эта проблема все еще беспокоит вас. Рад помочь с любыми дальнейшими сомнениями 🙂

5. Я полностью согласен с очень подробным ответом @willcrack. Извлечение в .gephi непосредственно из networkx не должно быть тем, для чего предназначены networkx и Gephi. Я бы посоветовал вам быть более конкретным в отношении того, чего вы хотите достичь своим подходом, потому что есть способы достичь несколько схожего конечного результата с макетом, размерами, цветами и т.д., Поэтому, пожалуйста, будьте более конкретны.