Блог

Я использую язык программирования R. Я изучаю различные типы «времени» в вычислениях. По-видимому, существует два типа общего времени: время, соответствующее общей математической сложности выполняемых вами процедур, и время, соответствующее тому, сколько времени требуется вашему отдельному компьютеру для выполнения процедур.

Я наткнулся на команду Sys.time() в R здесь: https://www.r-bloggers.com/2017/05/5-ways-to-measure-running-time-of-r-code /

Измеряет ли Sys.time() время, необходимое вашему отдельному компьютеру для выполнения команд? Например, я написал приведенный ниже код, используя Sys.time(), чтобы измерить время, необходимое моему персональному компьютеру для выполнения следующей процедуры в R для разного количества наблюдений.

  library(Rtsne)
    library(cluster)
    library(ggplot2)
    library(dplyr)
    library(dbscan)
    library(plotly)


#generate data

var_1 <- rnorm(1000,1,4)
var_2<-rnorm(1000,10,5)
var_3 <- sample( LETTERS[1:4], 1000, replace=TRUE, prob=c(0.1, 0.2, 0.65, 0.05) )
response_variable <- sample( LETTERS[1:2], 100, replace=TRUE, prob=c(0.4, 0.6) )


#put them into a data frame called "f"
f <- data.frame(var_1, var_2, var_3, response_variable)

#declare var_3 and response_variable as factors
f$response_variable = as.factor(f$response_variable)
f$var_3 = as.factor(f$var_3)

#create id
f$ID <- seq_along(f[,1])


mseDF <- NULL

for (size in c(100,500,1000)) {
   
    start_time <- Sys.time()
   
   
    #gower distance
   
    gower_dist <- daisy(f[1:size, 1:4],
                        metric = "gower")
   
    lof <- lof(gower_dist, k=3)
   
    tsne_obj <- Rtsne(gower_dist,  is_distance = TRUE)
   
    tsne_data <- tsne_obj$Y %>%
        data.frame() %>%
        setNames(c("X", "Y")) %>%
        mutate(
            name = f[1:size,]$ID,
            lof=lof,
            var1=f[1:size,]$var_1,
            var2=f[1:size,]$var_2,
            var3=f[1:size,]$var_3
        )
   
    p1 <- ggplot(aes(x = X, y = Y, size=lof, key=name, var1=var1,
                     var2=var2, var3=var3), data = tsne_data)  
        geom_point(shape=1, col="red") 
        theme_minimal()
   
   
    ggplotly(p1, tooltip = c("lof", "name", "var1", "var2", "var3"))
    end_time <- Sys.time()
   
   (final = end_time - start_time)
   print (final)
mseDF <- rbind(mseDF, data.frame(size, final))

}
 

Это правильно?

Дополнительно: визуализируйте время выполнения:

 plot(mseDF)
 lines(mseDF)
 

Спасибо

Другой способ — использовать proc.time; например

 > start_time <- proc.time()
> # some computation
> for (i in 1:10000000) i ^ 3
> proc.time() - start_time
   user  system elapsed 
   0.70    0.02    0.72 
 

Измеряет ли Sys.time() время, необходимое вашему отдельному компьютеру для выполнения команд?

Нет. Sys.time() возвращает текущее время. Аналогично Sys.Date() возвращает текущую дату. Вы могли бы создать функцию истекшего времени, в которой есть код, путем вычитания двух вызовов Sys.time . Но ваш код подразумевает, что вы уже знаете, как это сделать, поэтому, возможно, английский не является вашим родным языком, и этот вопрос был простой ошибкой в выражении. Так что, возможно, «да», поскольку, похоже, вы получите время, затраченное на появление результата.

Возможно, вы захотите взглянуть на ?system.time

 system.time({for(i in 1:10e6){x <- Sys.time()}})
#   user  system elapsed 
# 13.274   0.000  13.273 
 

Существует также несколько пакетов тестов (как показано в приведенной выше цитате из блога.). Пример: pkg:microbenchmark