Snakemake -use-singularity ожидает загрузки изображения

#docker #snakemake #singularity-container

#docker #snakemake #сингулярность-контейнер

Вопрос:

Я пытаюсь запустить команду snakemake в контейнере docker. Я использую команду snakemake -j all --use-singularity --verbose , но она зависает Pulling singularity image [image] . У меня есть пример snakefile ниже

 rule run_guppy:
    input:
        "../../data/fast5"
    output:
        "output"
    container: "docker://joshloecker/guppy:latest"
    params:
        config = "dna_r9.4.1_450bps_fast.cfg",
        callers = 1,
        threads_per_caller = 12
    shell:
        """
        echo Basecalling           

        guppy_basecaller 
        --config {params.config} 
        --input_path {input} 
        --save_path {output} 
        --num_callers {params.callers} 
        --cpu_threads_per_caller {params.threads_per_caller} 
        --recursive
    """

Но, как я уже сказал, дальше этого дело не идет Pulling singularity image. . . .
Нужно ли мне перенастроить мой образ docker в качестве образа singularity?

1. Возможно, вы захотите проверить, может ли singularity правильно создать изображение singularity pull docker://joshloecker/guppy:latest . Однако эта команда привела к успешному созданию изображения для меня.

2. Я никогда не использую singularity, поэтому я не могу здесь внести свой вклад, но, возможно, обновление до новейшей версии snakemake поможет? (если вы еще не использовали это)

3. @ManavalanGajapathy Выполнение вашей команды показывает, что сингулярность застряла в Getting image source sisignatures

4. @Maarten-vd-Sande Я использую snakemake версии 5.31.1

5. Таким образом, ошибка связана исключительно с singularity, а не с snakemake. Поскольку я мог успешно извлечь изображение с помощью singularity v3.5.2, ошибка может быть связана с вашей версией singularity. Какую версию вы используете?

Ответ №1:

Оказывается, моя файловая система просто очень медленно загружала изображение из docker. Я не видел никакого прогресса в командной строке и предположил, что что-то не так.