#docker
#docker
Вопрос:
Я пытаюсь запустить Docker в Windows Powershell docker: недопустимый ссылочный формат. См. «docker run —help». Я думаю, что это скорее проблема Docker, а не проблема с конкретным инструментом. Мой код выглядит так: (все в одной строке)
docker run -v "YOUR_INPUT_DIR":"/input" -v "YOUR_OUTPUT_DIR:/output" google/deepvariant:"${BIN_VERSION}" /opt/deepvariant/bin/run_deepvariant --model_type=WES --ref=/input/hg38.fasta --reads=/input/file.bam --regions /input/file1.bed --output_vcf=/output/YOUR_OUTPUT_VCF --output_gvcf=/output/YOUR_OUTPUT_GVCF --call_variants_extra_args="use_openvino=true" --num_shards=$(nproc) --logging_dir=/output/logs
Спасибо!
Комментарии:
1. YOUR_INPUT_DIR и YOUR_OUTPUT_DIR должны существовать в локальной файловой системе
2. Введите
echoперед docker в этой команде, запустите ее, чтобы отобразить расширенные переменные, и покажите вывод здесь.