Блог

Я пытаюсь получить доступ к результатам Pubmed через R, используя их API, но я постоянно получаю меньше результатов, чем тот же запрос, который достигается при использовании с веб-интерфейсом. Копаясь в выходных данных, я заметил, что проблема заключается в различном переводе запросов между двумя методами доступа.

Я использую rentrez пакет, но результаты, которые я получаю, одинаковы и с другими связанными rpackages, поэтому я предполагаю, что это связано с самим API.

вот код для воспроизведения результатов:

 install.packages('rentrez')

rentrez::entrez_search(db="pubmed", term = '((model OR models OR modeling OR network OR networks) AND (dissemination OR transmission OR spread OR diffusion) AND (nosocomial OR hospital OR "long-term-care" OR "long term care" OR "longterm care" OR "long-term care" OR "hospital acquired" OR "healtcare associated") AND (infection OR resistance OR resistant)) AND (2010[PDAT]:2020[PDAT])')$count

[1] 7157
 

Тот же запрос на https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov / возвращает 9263 результата.

Не уверен, нужно ли вам это сейчас. На всякий случай, если у кого-то еще есть такая же проблема. У меня была та же проблема, что и у вас, и я обнаружил, что что-то может быть полезным из-за проблемы с GitHub. Похоже, что служба API нуждается в обновлении, чтобы соответствовать новой веб-службе, но прошел уже год, а официальное лицо до сих пор не сделало многообещающего объявления. Альтернатива предоставляется автором easyPubMed. Надеюсь, это то, что вы искали.

Проблема с easyPubMed