#r #plot #error-handling #package #undefined
#r #график #обработка ошибок #пакет #не определено
Вопрос:
Я пытаюсь запустить cooccur() функцию в двоичном фрейме данных присутствия / отсутствия, но выдает следующую ошибку:
r в
[.data.frame(mat, spp, site_mask [spp, ] * site_mask [spp_next, : выбраны неопределенные столбцы
и я не могу понять, в чем проблема.
Мои данные выглядят так:
| пакет обновления 1 | sp2 | sp3 | sp4 | |
|---|---|---|---|---|
| A | 1 | 0 | 0 | 1 |
| B | 0 | 1 | 1 | 0 |
| C | 1 | 1 | 1 | 0 |
| D | 0 | 0 | 0 | 1 |
и я использую вызов:
library(cooccur)
co <- print(cooccur(data, type="site_spp", spp_names = TRUE))
потому что мои входные данные представляют собой фрейм данных с видами в столбцах и сайтами в строках.
Ответ №1:
Немного поздно, чтобы помочь Astrid, но на случай, если у других возникнет эта проблема — похоже, проблема с использованием опции «site_spp», которая еще не исправлена в коде пакета. Вы можете обойти это, переместив свою матрицу и запустив ее как «spp_site».
Итак, в примере Astrid это должно сработать:
library(cooccur)
t.data<-t(data)
co <- print(cooccur(t.data, type="spp_site", spp_names = TRUE))