Блог

У меня есть папка, содержащая около 191 файла GeoTIFF (каждый файл представляет собой отдельную плитку DEM (рельефа) гораздо большей площади). Я хочу объединить все плитки в один растровый файл. Я использую terra пакет и успешно смог загрузить каждый растр и объединить их с разрешением 2 метра до разрешения 30 метров. Однако при запуске mosaic функции для их объединения я сталкиваюсь с ошибкой (см. Сообщение об ошибке ниже). Я смог запустить функцию мозаики на меньшем подмножестве всего из трех плиток, но когда я масштабирую до всех файлов, это становится проблемой.

Вызывая сводку растров (см. Ниже), агрегация немного изменяет экстент — может ли это быть проблемой? resample может быть вариант, но каждый отдельный растр имеет разную степень, и я не совсем уверен, как реализовать это исправление.

Не уверен, что образец набора данных поможет, поскольку я знаю, что функции работают. Я запускаю этот код на высокопроизводительном кластере, поэтому не очень эффективно запускать небольшие партии кода.

 library(terra)

files <- as.list(list.files("./DEM_tiles", full.names = TRUE))

raster.list <- lapply(files, rast)
 
for(i in 1:length(raster.list)){
 raster.list[[i]] <- aggregate(raster.list[[i]], fact = 15)
 }

raster.mosaic <- do.call(mosaic, raster.list)

> Error: [mosaic] internal error: extents do not match ()
> Execution halted
 

Ниже приведен пример того, как выглядят две плитки:

 ### Before Aggregation
[[1]]
class       : SpatRaster 
dimensions  : 25000, 25000, 1  (nrow, ncol, nlyr)
resolution  : 2, 2  (x, y)
extent      : -1800000, -1750000, -6e 05, -550000  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. :  proj=stere  lat_0=90  lat_ts=70  lon_0=-45  x_0=0  y_0=0  datum=WGS84  units=m  no_defs 
source      : 35_23_1_1_2m_v3.0_reg_dem.tif 
name        : 35_23_1_1_2m_v3.0_reg_dem 

[[2]]
class       : SpatRaster 
dimensions  : 25000, 25000, 1  (nrow, ncol, nlyr)
resolution  : 2, 2  (x, y)
extent      : -1800000, -1750000, -550000, -5e 05  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. :  proj=stere  lat_0=90  lat_ts=70  lon_0=-45  x_0=0  y_0=0  datum=WGS84  units=m  no_defs 
source      : 35_23_1_2_2m_v3.0_reg_dem.tif 
name        : 35_23_1_2_2m_v3.0_reg_dem 


### After Aggregation
[[1]]
class       : SpatRaster 
dimensions  : 1667, 1667, 1  (nrow, ncol, nlyr)
resolution  : 30, 30  (x, y)
extent      : -1800000, -1749990, -600010, -550000  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. :  proj=stere  lat_0=90  lat_ts=70  lon_0=-45  x_0=0  y_0=0  datum=WGS84  units=m  no_defs 
source      : memory 
name        : 35_23_1_1_2m_v3.0_reg_dem 
min value   :                 -15.62178 
max value   :                  233.6489 

[[2]]
class       : SpatRaster 
dimensions  : 1667, 1667, 1  (nrow, ncol, nlyr)
resolution  : 30, 30  (x, y)
extent      : -1800000, -1749990, -550010, -5e 05  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. :  proj=stere  lat_0=90  lat_ts=70  lon_0=-45  x_0=0  y_0=0  datum=WGS84  units=m  no_defs 
source      : memory 
name        : 35_23_1_2_2m_v3.0_reg_dem 
min value   :                 -15.27713 
max value   :                  243.0772 
 

Ошибка заключалась в том, что растры не были выровнены, и из-за ошибки. Теперь я получаю

 library(terra)
#terra version 1.2.1
crs <- " proj=stere  lat_0=90  lat_ts=70  lon_0=-45  x_0=0  y_0=0  datum=WGS84  units=m"
r1 <- rast(nrow=1667, ncol=1667, ext=c(-1800000, -1749990, -600010, -550000), crs=crs)
r2 <- rast(nrow=1667, ncol=1667, ext=c(-1800000, -1749990, -550010, -5e 05), crs=crs)
values(r1) <- 1:ncell(r1)
values(r2) <- 1:ncell(r2)
m <- mosaic(r1, r2)
#Warning message:
#[mosaic] rasters did not align and were resampled

m
#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 3334, 1667, 1  (nrow, ncol, nlyr)
#resolution  : 30, 30  (x, y)
#extent      : -1800000, -1749990, -600010, -499990  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. :  proj=stere  lat_0=90  lat_ts=70  lon_0=-45  x_0=0  y_0=0  datum=WGS84  units=m  no_defs 
#source      : memory 
#name        :   lyr.1 
#min value   :       1 
#max value   : 2778889 
 

Также

предложение @Elia — хороший обходной путь:

 r1 <- writeRaster(r1, "test1.tif", overwrite=TRUE)
r2 <- writeRaster(r2, "test2.tif", overwrite=TRUE)
v <- vrt(c("test1.tif", "test2.tif"), "test.vrt", overwrite=TRUE)

v
#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 3334, 1667, 1  (nrow, ncol, nlyr)
#resolution  : 30, 30  (x, y)
#extent      : -1800000, -1749990, -600020, -5e 05  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. :  proj=stere  lat_0=90  lat_ts=70  lon_0=-45  x_0=0  y_0=0  datum=WGS84  units=m  no_defs 
#source      : test.vrt 
#name        :    test 
#min value   :       1 
#max value   : 2778889