Блог

Я оглядывался вокруг, и я совершенно сбит с толку настройкой Tukey в emmeans. В документации emmeans вообще не упоминается Tukey HSD, но здесь сказано, что «Для большинства результатов contrast () adjust часто является чем-то другим, в зависимости от того, какой тип контрастов создается. Например, для парных сравнений по умолчанию используется adjust = «tukey», то есть метод Tukey HSD.«.

Как я понимаю, Tukey HSD — это, по сути, серия попарных t-тестов с корректировкой на ошибку типа I. Но функция emmeans вычисляет оценочные предельные средние (EMM), которые, я полагаю, не являются попарными t-тестами; тогда применение корректировки Tukey к выходным данным emmeans не будет эквивалентно тесту Tukey HSD post hoc.

Второй связанный с этим вопрос будет заключаться в том, что делает функция «tukey.emmc», также из emmeans?

[Обновление] Я предполагаю, что мой второй вопрос заключается в том, в чем разница между tukey.emmc и contrast () с помощью ‘adjust = «tukey»‘?

Использование adjust = "tukey" означает, что критические значения и скорректированные значения P получены из изученного распределения диапазона qtukey() и ptukey() соответственно. Это те же критические значения, которые используются в тесте Tukey HSD. Но, чтобы подчеркнуть это, метод Tukey HSD действительно определен только для независимых выборок одинакового размера, что может иметь место или не иметь место для emmeans() результатов. Для получения более подробной информации см. ? summary.emmGrid и обратитесь к разделу о корректировках P-значений.

Что касается второго вопроса, оба pairwise.emmc() генерируют коэффициенты контраста для попарных сравнений; как revpairwise.emmc() и . Вот третья возможность:

 > emmeans:::tukey.emmc
function(levs, reverse = FALSE, ...) {
    if (reverse)
        revpairwise.emmc(levs, ...)
    else
        pairwise.emmc(levs, ...)
}
  

То есть tukey.emmc() вызывает один из этих методов попарного сравнения в зависимости от reverse . Таким образом, contrast(..., method = "tukey", reverse = TRUE) эквивалентно contrast(..., method = "revpairwise") .

Каждая .emmc функция передает метод настройки по умолчанию contrast() , и в случае pairwise.emmc() и tukey.emmc() , это значение по умолчанию adjust = "tukey" . Таким образом, вызов contrast(..., method = "pairwise") такой же, как contrast(..., method = "pairwise", adjust = "tukey") . В то время как вызов какой-либо другой функции контраста может привести к другим значениям по умолчанию. Например, consec.emmc() проходит "mvt" корректировку по умолчанию:

 > emmeans:::consec.emmc(1:4)
  2 - 1 3 - 2 4 - 3
1    -1     0     0
2     1    -1     0
3     0     1    -1
4     0     0     1

> attributes(.Last.value)
$names
[1] "2 - 1" "3 - 2" "4 - 3"

$row.names
[1] 1 2 3 4

$class
[1] "data.frame"

$desc
[1] "changes between consecutive levels"

$adjust
[1] "mvt"
  

Дополнительный комментарий к корректировке Tukey: эта корректировка подходит только для одного набора попарных сравнений. Если вы укажете adjust = "tukey" для непарных сравнений или произвольных контрастов, он отменит вас и "sidak" вместо этого будет использовать корректировку.