Блог

Проблема заключается в цикле for . Кажется, что он не подбирает заголовок для каждого графика, который генерируется с помощью функции AAstat.

 prot_seq <- read.fasta("FGF2-ortholog-proteins", seqtype = "AA" )       
anns <- (getAnnot(prot_seq))
org_names <- c("Homo sapiens", "Pan troglodytes", "Gallus gallus", "Rattus norvegicus", "Mus musculus", "Canis lupus familiaris")
all_seq <- getSequence(prot_seq)
for (i in all_seq) {
  AAstat(i)
  title(org_names[i])
}
  

На выходе должны быть разные графики разных аминокислотных последовательностей с правильным заголовком выше (название организма). Но все, что я получаю, это график без заголовка.

Поскольку вы all_seq выполняете цикл с:

 for (i in all_seq) {
  

значениями i будут последовательности в all_seq , а не числовой индекс, который вы можете использовать для подмножества org_names .

Чтобы запустить цикл так, как вы хотите, вы должны выполнить цикл с seq_along , чтобы получить числовые индексы, а затем использовать их для подмножества all_seq в цикле:

 for (i in seq_along(all_seq)) {
      AAstat(all_seq[i])
      title(org_names[i])
}