Блог

В масс-спектрометрии (MS) молекулы ионизировались и разбивались на фрагменты (ионы), которые отклонялись сильным магнитным полем в соответствии с их отношением массы к заряду (m / z) и, наконец, обнаруживались. Результирующие данные с детектора называются масс-спектром, которые представляют (m / z) s результирующих фрагментов в зависимости от соответствующих интенсивностей (обилия). В приведенном ниже примере приведен масс-спектр толуола (_{C7h8). Как показано на рисунке, наиболее интенсивному иону (m /z = 91) присваивается значение 100%, и оно называется базовым пиком:}

В табличном формате он будет представлен в виде:

   m/z, A
  45.47, 8.91
  46.62, 9.21
  ...
  91.27, 100
  93.541, 54.369
  

Где первый столбец соответствует фрагментам m / z, а второй — относительному содержанию; каждая строка называется пиком.

Для правильного форматирования такого рода данных в таблицу, готовую к публикации, например, следующим образом:

 | Analyte | Molecular formula | Molecular weight (Da) | [M]  *m/z* | MS fragments m/z                                                                                                                                                        |
|---------|-------------------|-----------------------|----------|-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|
| Toluene |        C7H8       |         92.14         |    91    | 94 (5), 93 (72), **91 (100)**, 91 (2), 89 (4), 78 (2), 76 (1), 67 (5), 65 (50), 64 (6), 64 (27), 62 (10), 61 (5), 54 (4), 53 (6), 52 (23), 51 (12), 50 (1), 47 (9), 45 (9). |
  

Я начал писать скрипт (на Python), который должен был выполнять следующее:

• Чтение табличных масс-спектров многих молекул из текстовых файлов (txt или csv)
• Для каждого файла отсортируйте пики по уменьшению m / z
• Округлите как (m / z) s, так и относительное содержание (A) до ближайшего целого числа
• Отбрасывайте пики со слабым относительным содержанием (A<1)
• Распечатайте список базовых пиков и пиков в соответствии с приведенным выше примером
• Создайте таблицу в формате публикации, как .pdf или .doc

Это моя попытка использовать библиотеку python pandas:

 #!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import glob, os
from os.path import splitext
os.chdir("/path_to_inupt_file")
import pandas as pd



def print_mzlist(fx):
    # Read peaks table and sort according to *m/z* 
    f = pd.read_csv(fx)
    compname=str(os.path.splitext(fx)[0])
    df = pd.DataFrame(f)
    dfs = df.sort('m_z',ascending=False)


    # Strip peaks with *A* < 1
    dfss = dfs.query('A > 1')

    # Select base peak with A = 100% and add 1 to m/z because the ionization mode is positive
    base_peak=dfs.query('A == 100') 1

    # Create the list of peaks with base_peak as first element
    peaks_list = ""
    bps = str("%s MS1[%0.f]: " %(compname.title(), base_peak['m_z']))
    # Append the Compound name *compname* and *base_peak*
    peaks_list = peaks_list   bps 
    # Append peaks list
    for index, row in dfss.iterrows():
        peaks_list  = str ("%.0f (%0.f), " % (row['m_z'], row['A']))
    peaks_list = peaks_list[:-2]   '.'
    return (peaks_list)

# Open the text file to store results
text_file = open("Results.txt", "w")

# Reading csv files and printing the results  
for filename in glob.glob("*.csv"):
    print "Processing the file", filename
    pk= print_mzlist(filename)
    text_file.write("{}n".format(pk))
    print "Wrinting results to:", text_file.name
text_file.close()
print "Done"
  

Вывод:

 Xylene MS1[92]: 107 (6), 106 (66), 105 (29), 104 (3), 103 (6), 102 (1), 92 (8), 91 (100), 89 (2), 79 (7), 78 (6), 77 (12), 74 (1), 65 (6), 63 (5), 62 (2), 53 (3), 52 (3), 51 (9), 50 (4), 41 (1), 39 (8), 38 (1), 27 (4).
Toluene MS1[92]: 94 (5), 93 (72), 91 (100), 91 (2), 89 (4), 78 (2), 76 (1), 67 (5), 65 (50), 64 (6), 64 (27), 62 (10), 61 (5), 54 (4), 53 (6), 52 (23), 51 (12), 50 (1), 47 (9), 45 (9).
Cumene MS1[106]: 121 (3), 120 (27), 106 (9), 105 (100), 104 (3), 103 (7), 102 (1), 91 (6), 79 (12), 78 (6), 77 (14), 65 (2), 63 (2), 53 (1), 52 (3), 51 (9), 50 (3), 41 (3), 39 (6), 28 (1), 27 (4).
Styrene MS1[105]: 105 (9), 104 (100), 103 (41), 102 (6), 89 (2), 79 (2), 78 (35), 77 (17), 76 (4), 75 (2), 74 (3), 65 (1), 63 (5), 62 (2), 52 (7), 51 (17), 50 (7), 39 (6), 38 (1), 27 (3).
  

Исходные файлы csv доступны в этом репозитории github.

Что мне нужно от сообщества stackoverflow:

• Пересмотрите код (любые предложения)
• Посоветуйте мне метод (или библиотеку) для форматирования результатов в виде таблицы и распечатки в формате PDF или doc