#networking #plot #cytoscape
#сеть #построение #cytoscape
Вопрос:
Я хотел бы услышать альтернативные предложения по построению сложной метаболомной сети, построенной в Cytoscape.
Я пытался построить график с разными макетами, но это не сработало.
У меня нет кодов для этого, он был нанесен в cytoscape со значениями изменения сгиба abs и оценкой сходства танимото.
Комментарии:
1. Приветствую. Существует множество различных алгоритмов компоновки, и каждый алгоритм компоновки имеет свои собственные возможности настройки. Реальный вопрос заключается в том, чего вы пытаетесь достичь с помощью своей визуализации. Одной из возможностей может быть создание подсетей из каждого из ваших больших подключенных компонентов. В любом случае, было бы полезно иметь лучшее представление о том, что вы на самом деле должны показывать в своей сети.
2. Большое спасибо за ваши комментарии. На самом деле в примечаниях у нас есть две группы, которые имеют цветовую маркировку для зеленого и красного. Простая идея состоит в том, чтобы показать, что зеленых цветов больше, чем красных, что означает, что когда мы лечили мышей, у нас было больше изменений в метаболитах, кодируемых зеленым цветом. Это делает предложение?
3. Хорошо, понял. Итак, во-первых, я бы скрыл метки — они не помогают, а только скрывают сообщение. Во-вторых, сделайте края намного более прозрачными. В-третьих, сделайте узлы больше (намного больше). Наконец, не используйте красный / зеленый. Позвольте мне сказать это снова — НИКОГДА не используйте красный / зеленый, если вы не абсолютно уверены, что все, кто смотрит на фигуру, не являются красно-зелеными дальтониками, или вы предоставляете отдельный визуальный канал. Если это все еще не дает желаемого эффекта, вы можете просто использовать макет сетки, если кластеры не имеют значения.
4. Попробую, как вы предлагаете. Большое спасибо за ваше время.