#r #limma
#r #лимма
Вопрос:
У меня есть данные RNA seq о необработанных подсчетах генов, которые я хочу преобразовать для линейного моделирования. Я пытаюсь преобразовать voom, чтобы провести взвешенный анализ.
Фрейм данных: prac_count_10
gene S1 S2 S3 S4 S5
ENG0000456 0 1 10 145 24
ENG0000458 7 2 9 0 0
ENG0000657 76 12 56 10 2
ENG0000689 0 0 0 3 5
Код:
prac_prac_10 <- voom(prac_count_10[,2:5], design=NULL, lib.size=NULL,
normalize.method = "none", span = 0.5
Однако это не дает выходных данных с именами образцов генов и значениями logCPM. Хотелось бы получить выходные данные с идентификаторами генов и значениями logCPM для линейного моделирования.
Тоже пробовал:
cpm <- cpm(prac_count_10)
lcpm <- cpm(prac_count_10, log=TRUE)
Комментарии:
1. Эй, Холли, тебе следует подумать о переносе этого вопроса в bioinformatics stack exchange, вы получите больше помощи по такого рода вопросам там .. вот ссылка: bioinformatics.stackexchange.com
2. Спасибо за ваш совет, очень любезный. Теперь я опубликовал там! Спасибо