Блог

Я пытаюсь получить предковый термин go из списка терминов go. Я использовал bioconductor в R для этой задачи. Но я совершенно сбит с толку результатом. Я приведу несколько примеров результатов:
ввод:

 AT3G52150   GO:0009570  GO:0009941  GO:0009570  GO:0009535  GO:0009579  GO:0009941  GO:0009507  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009579  GO:0009507  GO:0009507  GO:0009570  GO:0009579  GO:0009535  GO:0009579  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009507  GO:0009507  GO:0009941  GO:0009941  GO:0009507  GO:0009570  GO:0009570  GO:0009535  GO:0009535  GO:0009535  
AT1G56450   GO:0022626  GO:0022626  GO:0005839  GO:0005737  GO:0005829  GO:0022626  GO:0022626  GO:0005737  GO:0000502  GO:0005839  
AT3G07100   GO:0005789  GO:0030127  GO:0033116  GO:0000139  GO:0030127  GO:0005789  GO:0005789  GO:0000139  GO:0033116  GO:0033116  GO:0030127  GO:0005737  GO:0005789  GO:0000139  GO:0000139  
AT1G07040   GO:0009507  
  

вывод:

 [1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0044424" "GO:0044464" "all"       
[1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0044424" "GO:0044464" "all"       
[1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0044424" "GO:0044464" "all"       
[1] "GO:0005622" "GO:0005575" "GO:0005623" "GO:0005737" "GO:0043231" "GO:0009536" "GO:0043226"
[1] "GO:0043227" "GO:0043229" "GO:0044424" "GO:0044444" "GO:0044464" "all" 
  

Я объясню, что означает этот результат, поэтому я объединил разные клеточные компоненты ОДНОГО номера доступа и получил их родительский элемент (используя GOCCANCESTOR в R). Таким образом, каждая строка в выходных данных, которые я вставил выше, является родительской, принадлежащей компонентам ячейки одного accesionnumber.

Однако я не понимаю выходных данных. Я предполагаю, что «все» является вершиной иерархии всех терминов GO клеточного компонента (не уверен в этом, потому что я не смог найти никакой документации по этому поводу).
Итак, я подумал, что дальше вправо означает выше в иерархии, однако, если это правда, было бы странно, что с левой стороны все термины go одинаковы, я бы ожидал этого с правой стороны, если «все» означает вершину.
Я надеюсь, что кто-то знаком с терминами GO или с GOCCANCESTOR в R

Обновить
В случае, если эти термины не отсортированы, как я могу отсортировать их, чтобы получить минимально возможный уровень в иерархии?

Я не был уверен, нужно ли мне публиковать это в stackoverflow или biology, поэтому, если вы считаете, что это не следует публиковать здесь, дайте мне знать