Блог

Я хочу проверить, коррелируют ли две переменные или нет после разрыва связи между этими двумя переменными. И я должен сделать это, используя перестановку и используя коэффициент корреляции Кендалла. Я не уверен, правильно ли я это делаю. Ниже приведен мой код.

 ### This is original observed data
observed <- cor(myData$gene_dens,myData$qp.site,method = "kendall") 
plot(myData$gene_dens,myData$qp.site,main=paste("Corelation = ",observed))

### I am doing permuation here to break the association between the two variables I am looking at
perm = function(dataframe)
{

result1 = sample(dataframe$gene_dens,size = length(myData),replace = FALSE)

  return(result1)

}

###I am using 10000 replicates because I want to make a null distribution so that I don't have to rely on the assumptions of the normal distribution
result = replicate(10000,perm(myData)) 

### myData is the vector containing the entire data of the csv file.

hist(result)

pvalue <- (sum(result < observed)   sum(result > observed))/length(result)