#r #anova
#r #anova
Вопрос:
Эта категория вопросов задавалась ранее, но ни один из них не мог дать мне подсказку для решения моей проблемы (в основном им не хватает выборочных данных). Мне жаль, что я беспокою сообщество своим вопросом, но, пожалуйста, немного рекомендаций поможет мне.
Мои файлы с примерами данных, на которых я хочу выполнить вложенный ANOVA:
a b c d
2079 3141 2849 4277
2080 3202 3498 3883
1852 3739 2427 3793
3317 2511 3504 2317
3015 2533 1852 3605
2452 2871 4891 3427
2445 3484 2307 1948
3007 5639 2838 2836
4468 2239 4207 1202
2760 8820 2214 3509
a b c d
3414 4357 6449 3424
2963 1827 3018 3216
2816 4254 2386 6711
2196 3634 3520 3836
2492 5676 3093 2993
1948 10109 2783 3979
2298 9456 2821 2430
4937 3111 2436 4163
3956 4955 2598 5105
a b c d
3637 3724 2827 3661
3011 3190 5502 4393
3879 2087 2237 3517
5057 4731 3324 4029
4045 3521 2262 3168
4396 2410 3096 4622
3053 2252 4162 3427
3408 1954 3127 2935
2021 3359 2970 2229
5723 3874 4981 2375
3866 4250 2001 2409
2838 6014 3121 2836
a b c d
3213 4733 3084 2671
2071 5239 2395 4204
2687 4924 2992 5175
2321 4251 2646 3628
2125 5769 3868 6943
4118 7649 2403 2348
4383 3048 2998 2862
3808 5482 2986 2515
2455 2420 2292 2652
2656 4973 3892 2826
4589 2882 5800 2745
6701 6567 2196 3692
2292 3834 3776 5860
4173 2610 2313 2298
3247 6040 1853 3536
3383 3292 4134 3773
3805 3789 2172 3032
Выше приведены четыре файла с наблюдениями в четырех выборках.
Мой подход:
rep1=read.table("a.txt", header=T, sep="t")
rep2=read.table("b.txt", header=T, sep="t")
rep3=read.table("c.txt", header=T, sep="t")
rep4=read.table("d.txt", header=T, sep="t")
lintmass <- c(rep1,rep2,rep3,rep4)
Проблема, чтобы продолжить, чтобы получить:
1) Model I (fixed-effects) ANOVA for all effects and interactions
2) Model I (fixed-effects) ANOVA for just the single-factor effects
3) Model I ANOVA for just the factor interactions
Я взглянул на эту страницу http://www.math.wustl.edu /~victor/classes/ma322/r-eg-11.txt
Но я застрял на этом шаге (как указано на веб-странице) :
gender <- gl(2,3*4,2*3*4, labels=c("Male", "Female") )
Пожалуйста, помогите
Спасибо
Комментарии:
1. Это вам помогает?
2. @Jimbou: Я просмотрел страницу, прежде чем задать вопрос здесь. Приношу свои извинения за то, что не задал четкого вопроса, пожалуйста, взгляните на обновленный пост.
3. @cuttlefish44 Да, a, b, c, d соответствуют видам, а данные выборки четырех блоков соответствуют полу. a.txt предназначен для 1-го блока.
Ответ №1:
Для всех переменных без эффекта взаимодействия
data.aov <- aov(a ~ . , data= dat)
Или просто некоторые
data.aov <- aov(a ~ b c,data = data)
Или с взаимодействием и т. Д.
data.aov <- aov( a ~ b c b*c, data.dat)
Ответ №2:
Ваш камень преткновения — это манипулирование данными (метод, который использует сайт, выглядит немного сложным и …). Для анализа было бы лучше дополнительно обратиться к этому сайту, как упоминал @Jimbou
## read the data
rep1 = read.table("a.txt", header=T, sep="t")
rep2 = read.table("b.txt", header=T, sep="t")
rep3 = read.table("c.txt", header=T, sep="t")
rep4 = read.table("d.txt", header=T, sep="t")
## add a factor information (I called it *gender*) and combine
rep1$gender <- "JJ"
rep2$gender <- "KK"
rep3$gender <- "LL"
rep4$gender <- "MM"
data <- rbind(rep1, rep2, rep3, rep4)
## chage data into long format using `melt()` and change `colnames`
library(reshape2)
df <- melt(data)
names(df) <- c("gender", "species", "lintmass")
# > head(df, n=3)
# gender species lintmass
# 1 JJ a 2079
# 2 JJ a 2080
# 3 JJ a 1852 # finishing a data manipulation
Поскольку я упаковал все данные data.frame , вам нужно записать data = df в функцию.
1) Модель I (с фиксированными эффектами) ANOVA для всех эффектов и взаимодействий
model1.1 <- aov(lintmass ~ species * gender, data = df)
summary(model1.1)
# this is equivalent to anova( lm(lintmass ~ species * gender, data = df) )