Блог

Главная - Вопросы по программированию - Ошибка LD_LIBRARY_PATH в сценарии bash

Ошибка LD_LIBRARY_PATH в сценарии bash

#linux #bash #shell #ld

#linux #bash #оболочка #ld

Вопрос:

У меня есть скрипт bash, который запускает эту строку кода:

 LD_LIBRARY_PATH=/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib ./xattr infile.txt outfile.txt

Если бы я вызвал эту строку непосредственно из оболочки, она работает нормально. Однако, если я запускаю его в скрипте bash, я получаю эту ошибку:

 update.sh: line 45: LD_LIBRARY_PATH=/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib: No such file or directory

Почему LD_LIBRARY_PATH не работает, когда он установлен в сценарии bash?

Вот еще часть кода в строке 45:

 BASE_DIR="/volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp"
COMP_DIR="$BASE_DIR/compound"

# move to the current directory where xattr.cpp and other files are
cd /users/kharland/software/programs/BioDB-update/dev

# Compile xattr ('make xattr' is the same command I call from the shell
# to compile this program when this program actually works).
make xattr

# loop over each .sdf file in COMP_DIR
for INF in $(ls $COMP_DIR | grep sdf)
do
    babel -isdf $COMP_DIR/$INF -ocan $SMILES_DIR/$INF.csv
    LD_LIBRARY_PATH=/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib ./xattr $COMP_DIR/$INF $COMP_DIR/$COMP_FILE
done

Содержимое перед этими строками — это просто комментарии

Редактировать

В моем makefile я компилирую с этими параметрами

 LDLIBS=-lm -ldl -lz -lopenbabel
LDFLAGS=-Wl,-rpath,/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib:/tools/cluster/system/pkg/openbabel/openbabel-2.3.2/build/lib,-L/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib

и запуск ldd xattr показывает, что библиотеки действительно связаны, поэтому программа выполняется, как и ожидалось, при вызове из оболочки. Единственная проблема связана со сценарием bash. Если я удалю параметр LD_LIBRARY_PATH из сценария bash, я получаю проблему, из-за которой общие библиотеки для openbabel не найдены, хотя ldd показывает, что xattr знает, где находятся библиотеки. Вот почему я добавил LD_LIBRARY_PATH в сценарий bash, я пытаюсь использовать его в качестве обходного пути

Редактировать
(исправлена ошибка: заменены «библиотеки» на «мой код» ниже)
(указано неправильное имя файловой системы ниже)

Мне только что пришло в голову кое-что. Мой исходный код находится в /users файловой системе. Если мои библиотеки находятся в другой смонтированной файловой системе, будут ли у bash проблемы с поиском этих документов?

Комментарии:

1. Можете ли вы поделиться большим фрагментом обновления. sh вокруг строки 45?

2. Вы уверены, что bash запускает скрипт?

3. @Kenster этот скрипт вызывается «update.sh » и я призываю bash update.sh запустить его.

4. Сообщение об ошибке указывает, что оболочка обрабатывает часть LD_LIBRARY_PATH=… как команду для запуска, и ей не удается найти файл с этим именем. Я спросил о оболочке, потому что некоторые старые оболочки (например, Bourne shell, я думаю) не поддерживают синтаксис «FOO = bar some-command».

5. К вашему сведению, for INF in $(ls $COMP_DIR | grep sdf) это ошибка. Вам было бы лучше for inf in "$COMP_DIR"/*sdf*; do ... ; см. mywiki . wooledge.org/ParsingLs для более подробного объяснения.

Ответ №1:

Установка переменных среды работает в сценариях bash.

Попробуйте это:

 #!/bin/bash
VAR1=VALUE1 env

… запустите этот скрипт, и вы увидите вывод, который включает VAR1 в себя и его значение.

Вообще говоря, это также работает с LD_LIBRARY_PATH :

 #!/bin/bash
tempdir=$(mktemp -t -d testdir.XXXXXX)
LD_LIBRARY_PATH=$tempdir env
rm -rf "$tempdir"

Если вы можете сгенерировать минимальный репродуктор, в котором этого не происходит, это было бы полезно и оценено.

Комментарии:

1. Это правильный ответ. Краткое объяснение: в моем оригинальном сценарии LD_LIBRARY_PATH инструкция интерпретировалась как команда вместо назначения переменной среды.

2. @kjh, мне любопытно, как и почему ваш оригинальный скрипт генерировал такое поведение; если вы выясните, как его воспроизвести, пожалуйста, следуйте здесь.