Блог

Главная - Вопросы по программированию - R не удается установить пакеты на этапе загрузки в linuxmint (Ubuntu)

R не удается установить пакеты на этапе загрузки в linuxmint (Ubuntu)

#r

#r

Вопрос:

Я пытаюсь установить пакет ‘RcppEigen’ для моей установки R версии 3.3.1 на моем 64-разрядном ПК Intel под управлением LinuxMint 17.1, который, как я понимаю, по сути такой же, как Ubuntu trusty, в том, что касается R. Установка всегда завершается неудачно на этапе «загрузки». Я получаю те же ошибки, когда пытаюсь установить пакет ‘lme4’, который мне действительно нужен. RcppEigen — это зависимость, из-за которой установка lme4 завершается неудачно.

В сообщениях об ошибках говорится, что не удается найти пакеты «lapack» и «blas». Я провел некоторый поиск и нашел несколько потоков, в которых говорится, что я должен либо установить некоторые символические ссылки на отсутствующие файлы, либо скопировать их куда-нибудь, но мне неясно, какие это файлы, кроме того, что у них, вероятно, есть «lapack» и «blas» где-то в их именах.

Вот команда, которую я выдал из командной строки R.

install.packages(‘RcppEigen’)

И вот результат с сообщениями об ошибках.:

 Installing package into ‘/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/RcppEigen_0.3.2.9.0.tar.gz'
Content type 'unknown' length 1209128 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB

* installing *source* package ‘RcppEigen’ ...
** package ‘RcppEigen’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g   -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o
g   -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g   -I/usr/share/R/include -DNDEBUG   -I"/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include"  -I../inst/include -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c fastLm.cpp -o fastLm.o
g   -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o RcppEigen.so RcppEigen.o RcppExports.o fastLm.o -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lR

<HERE COME THE ERROR MESSAGES. THIS BRACKET MANUALLY INSERTED BY Andrew>

/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [RcppEigen.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/andrew/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/RcppEigen’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
   ‘/tmp/RtmpI463VA/downloaded_packages’

Я был бы очень признателен за любые предложения, которые кто-либо может сделать о том, как заставить эту установку работать.

Спасибо

Вот моя системная информация

 platform       x86_64-pc-linux-gnu         
arch           x86_64                     
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          3                           
minor          3.1                         
year           2016                       
month          06                         
day            21                         
svn rev        70800                       
language       R                           
version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
nickname       Bug in Your Hair

Ответ №1:

Кратко:

  1. Вы можете установить RcppEigen как двоичный файл : sudo apt-get install r-cran-rcppeigen . Существует несколько сотен пакетов core CRAN …

  2. Сообщения об ошибках cannot find -llapack и cannot find -lblas указывают, что у вас есть среда выполнения, но заголовки / пакеты разработки. Самое простое решение: выполните sudo install r-base-dev и повторите попытку.

Любой подход должен работать. Если все остальное не удается, обратитесь к списку r-sig-debian за помощью по R в системах на базе Debian.

Комментарии:

1. Большое вам спасибо, Дирк. Вчера я часами возился с этим, включая обновление R (что было серьезной головной болью, когда это делалось само по себе), и получал решения со всей сети, которые не работали. Ваше предложение (я использовал 1) решило его в одной быстрой инструкции командной строки. Я очень благодарен.

2. Рад это слышать. Установка самого R также должна быть простой (если вы можете запускать двоичные файлы Ubuntu). Я запускаю несколько компьютеров на работе и дома — и apt-get доставляю текущие двоичные файлы с зеркал CRAN, см. cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu

3. О, и сделайте также 2). У вас в значительной степени должен быть r-base-dev пакет, чтобы обеспечить требуемые зависимости.

4. Спасибо, Дирк. Теперь я запустил (2).