Блог

Я пытаюсь создать цикл в своем скрипте, чтобы получить выходной файл. В моем скрипте у меня уже есть другие 2 цикла для чтения входных файлов. В конце моего скрипта у меня есть df в моей среде, который я хотел бы сохранить как .csv с именем входных файлов. Вот упрощенная версия моих кодов:

     filePdbs <- Sys.glob("*.pdb")
    fileTurns <- Sys.glob("*.txt")
    for (filePdb in filePdbs) {
      "pdb" <- print(read.pdb(filePdb))
       
    ##other stuff here 
      
      "coord" <- print(read.pdb(filePdb)) 

    ##other stuff here 

      for (fileTurn in fileTurns) {
      "turn" <- read.delim(fileTurn, header = T, sep = "")

  ## here I have lines for merging info from pdb and txt and I obtain my df that I'd like to save as csv
    
      }
    }
  

Для этих 2 циклов ввода файлов я должен создать третий глобальный цикл для вывода csv с тем же именем входного файла.
Входные файлы представляют собой что-то вроде «1abc_A.pdb» и «1abc_A.txt «, я бы хотел иметь в качестве выходных данных «1abc_A.csv».
Как я могу это сделать?

Я вижу несколько проблем с вашим кодом, как уже указывалось в комментариях, но фактический вопрос заключается в том, как изменить файл, заканчивающийся в строке, насколько я понимаю вопрос.

Самым простым способом было бы использовать sub(pattern="pdb$", replacement="csv", x=filePdb) . Это находит буквы ‘pdb’ в конце строк ($ означает конец строки) и заменяет их на ‘csv’. Я бы поместил эту строку во второй вид сразу после изменения ваших переменных. В качестве альтернативы вы можете использовать filePdbs вместо filePdb и сохранить все измененные имена файлов, прежде чем использовать их.

Итак, вот что я бы изменил в вашем примере кода:

При чтении файлов, которые вам не нужны print , которые в большинстве случаев выводят содержимое в консоль, но мы хотим сохранить содержимое файла в переменной.

Переменные не заключаются в кавычки. Заключение имени в кавычки изменяет значение, и вы получаете символьную строку, в которой вы не можете ничего хранить.

Кажется, вы дважды читаете файл filePdb в цикле. Это неэффективно. Если вы хотите получить доступ к матрице с координатами, чтобы сохранить ее в переменной с именем ‘coord’, вы можете получить матрицу с pdb$xyz помощью (мы ведь говорим здесь о пакете bio3d, верно?).

Итак, затем вы просматриваете каждый файл .txt для каждого файла .pdb. ([нет текста] * [нет pdb]). Я думаю, что у вас могут быть пары файлов, и если это так, вам нужно открыть только 1 текстовый файл на pdb-файл. Вы могли бы достичь этого с помощью

 for (i in seq(along=filePdbs)) {
    pdb <- read.pdb(filePdbs[i])
    turn <- read.delim(fileTurn[i], header = T, sep = "")
    # ...
}
  

(Убедитесь sep , что аргумент соответствует вашей цели.)

Наконец, как упоминалось выше, поместите write.csv() (или для большего контроля параметров вывода write.table() ) внутри вашего внутреннего цикла и измените имя с sub() помощью .

 filePdbs <- Sys.glob("*.pdb")
fileTurns <- Sys.glob("*.txt")

for (filePdb in filePdbs) {
    pdb <- read.pdb(filePdb)
       
    ##other stuff here 
      
    coord <- pdb$xyz

    ##other stuff here 

    for (fileTurn in fileTurns) {
        turn <- read.delim(fileTurn, header = T, sep = "")

        ## here I have lines for merging info from pdb and txt and I obtain my df that I'd like to save as csv
    
        write.csv(result,
                  file=sub("pdb$", "csv", x=filePdb),
                  row.names=F)
    
    }
}