Блог

Я использую базу данных Physionet для некоторых задач, связанных с анализом сигналов ЭКГ. Я хотел прочитать.Файлы MAT, извлеките показания MLII из файла (расположены по всей строке 1), отрегулируйте сигнал до mV, используя «усиление» и «база» (расположены в .ИНФОРМАЦИЯ, также предоставленная Physionet) и, наконец, выведите значения сигнала и его период.

Я хотел написать скрипт, который мог бы выполнять все эти действия со всеми файлами в одной папке. До этого я написал ту, в которой я мог делать все, что упоминалось выше, и она работала хорошо.

Но скрипт, который будет управлять всеми файлами .mat и .info в моей папке, вызывает у меня проблемы с переменными. Я попытался использовать команду ‘global’ в самом начале моей последовательности IFS, но она продолжала посылать аналогичное сообщение об ошибке.

Это код:

 import os
import scipy.io as sio
import numpy as np
import re
import matplotlib.pyplot as plt

for file in os.listdir('C:blablablablablaMultiple .mat files'):
    if file.endswith(".mat"):
        file_name=os.path.splitext(file)
        ext_txt=".txt"
        ext_info=".info"
        if file.endswith(".info"):
            f=open(file_name[0] ext_info,'r')
            k=f.read()
            f.close()
            j=re.findall('d ', k)
            Fs=j[9]
            gain=j[13]
            base=j[14]

        RawData=sio.loadmat(file)
        signalVectors=RawData['val']
        [a,b]=signalVectors.shape
        signalVectors_2=np.true_divide((signalVectors-gain),base)
        ecgSignal=signalVectors_2[1,1:]
        T=np.true_divide(np.linspace(1,b,num=b-1),Fs)
        txt_data=np.array([ecgSignal, T])
        txt_data=txt_data.T
        f=open(file_name[0] ext_name,'w')
        np.savetxt(file_name[0] ext_txt,txt_data,fmt=['%.8f','%.8f'])
        f.close()
  

Я получаю сообщение об ошибке:

 > File "C:blablablablablaMultiple .mat filesecg_mat_multi.py", line 24, in <module>
    signalVectors_2=np.true_divide((signalVectors-gain),base)
NameError: name 'gain' is not defined
  

Проблема связана с переменными ‘gain’, ‘base’ и ‘Fs’. Я попытался определить их как глобальные переменные, но это ничего не изменило. Можете ли вы помочь мне исправить эту ошибку, пожалуйста?

Большое спасибо за ваше время и помощь.

РЕДАКТИРОВАТЬ 1: скопировано сообщение об ошибке под скриптом. РЕДАКТИРОВАТЬ 2: изменен заголовок сообщения и удалены дополнительные вопросы.

Используйте два цикла и извлеките информацию перед обработкой файлов данных

 for filepath in os.listdir('C:blablablablablaMultiple .mat files'):
    if filepath.endswith(".info"):
        Fs, gain, base = get_info(filepath)
        break
for file in os.listdir('C:blablablablablaMultiple .mat files'):
    if file.endswith(".mat"):
        file_name=os.path.splitext(file)
        ...
        RawData=sio.loadmat(file)
        signalVectors=RawData['val']
        ...
  

Я работал над вашим первым редактированием, поэтому я включу это, хотя вопрос был упрощен

 # foo.info
Source: record mitdb/100 Start: [00:00:10.000]
val has 2 rows (signals) and 3600 columns (samples/signal)
Duration: 0:10
Sampling frequency: 360 Hz Sampling interval: 0.002777777778 sec
Row Signal  Gain    Base    Units
1   MLII    200 1024    mV
2   V5  200 1024    mV

To convert from raw units to the physical units shown
above, subtract 'base' and divide by 'gain'.
  

Я бы также написал функцию, которая возвращает нужную вам информацию. Использование функции для извлечения информации делает код в вашем цикле более читаемым и упрощает тестирование извлечения.

Поскольку файл хорошо структурирован, вы, вероятно, могли бы перебирать строки и извлекать информацию, подсчитывая строки и используя str.split фрагменты и .

Эта функция использует шаблоны регулярных выражений для извлечения информации:

 # regex patterns
hz_pattern = r'frequency: (d ) Hz'
mlii_pattern = r'MLIIt(d )t(d )'

def get_info(filepath):
    with open(filepath) as f:
        info = f.read()
    match = re.search(hz_pattern, info)
    Fs = match.group(1)
    match = re.search(mlii_pattern, info)
    gain, base = match.groups()
    return map(int, (Fs, gain, base))
  

Если в каталоге имеется несколько файлов .info и .mat, вы хотите убедиться, что извлекаете правильную информацию для данных. Поскольку файл .info имеет то же имя, что и файл .mat, которому он принадлежит, отсортируйте список каталогов по имени, а затем сгруппируйте по имени — это гарантирует, что вы работаете с двумя файлами, которые связаны друг с другом.

 import itertools
def name(filename):
    name, extension = filename.split('.')
    return name

files = os.listdir('C:blablablablablaMultiple .mat files')
files.sort(key = name)
for fname, _ in itertools.groupby(files, key = name):
    fname_info = name   '.info'
    fname_data = name   '.mat'
    Fs, gain, base = get_info(fname_info)
    # process datafile