Блог

Есть ли встроенная функция, которая генерирует таблицу рисков в пакете выживания? Я хочу сообщить о количестве подверженных риску, количестве событий и количестве цензоров по временному интервалу. Если это недоступно, есть ли способ эффективно создать эту таблицу? Я видел другие пакеты с некоторыми встроенными функциями, но предпочел бы работать с пакетом выживания.

Насколько мне известно, в пакете нет встроенной функции survival , которая генерировала бы таблицы набора рисков, но вы можете написать простую функцию для ее генерации. Вот пример кода, использующего данные ветерана из survival пакета для графика Каплана-Мейера с набором рисков,

 library(survival)
data(veteran)

RiskSetCount <- function(timeindex, survivaltime) {
  atrisk <- NULL
  for (t in timeindex)
  atrisk <- c(atrisk, sum(survivaltime >= t))
  return(atrisk)
}

fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran) 
par(mfrow=c(1,1),mar = c(7,6,2,2)) # defining plot parameters
plot(fit, xlab="Time",ylab="Survival probability",lwd=2,mark.time=T,col=c(1,2),xlim=c(0,500))
legend("topright",col=c(1,2),lwd=2,legend=c("Control","Intervention"))
mtext("Risk set:", 1, line=4, at=-90)
grid <- seq(0,500,by=100)
mtext(RiskSetCount(grid,veteran$time[veteran$trt==1]), side=1, line=4, at=grid)
mtext(RiskSetCount(grid,veteran$time[veteran$trt==2]), side=1, line=5, at=grid)
  

Вот график Km,

Вы можете добавить дополнительные показатели, такие как количество событий, количество подвергнутых цензуре наблюдений и т.д. для программы.