Блог

Главная - Вопросы по программированию - Извлечение идентификаторов PubMed и заголовка: ошибка HTTP

Извлечение идентификаторов PubMed и заголовка: ошибка HTTP

#r #pubmed

#r #pubmed

Вопрос:

Я написал код R для извлечения идентификаторов и заголовка Pubmed, используя название журнала, дату, объем, выпуск и номер страницы.

Файл содержит строки, подобные

 AAPS PharmSci 2000 2 1 E2
AAPS PharmSci 2004 6 1 1-9

И результат, который я хочу, выглядит так:

 AAPS PharmSci 2000 2 1 E2, 11741218 , Molecular modeling of G-protein coupled receptor kinase 2: docking and biochemical evaluation of inhibitors.

аналогично для всех строк в файле

Код, который я написал на R для этого

     search_topic <- "search term"

    search_query <- EUtilsSummary(search_topic)
    #summary(search_query)

    # see the ids of our returned query
    ID <- QueryId(search_query)

    # get actual data from PubMed
    records<- EUtilsGet(search_query)

    # store it
    pubmed_data <- data.frame(ID,'Title'=ArticleTitle(records))
    write.csv(pubmed_data, file = paste("./",search_topic,".csv",sep=""))

Что выдает ошибку типа:

 In addition: Warning message:
In file(con, "r") : cannot open: HTTP status was '502 Server Hangup'

Пожалуйста, дайте мне знать, где я ошибаюсь?

Комментарии:

1. работает для меня (по крайней мере, не выдает никаких предупреждений или ошибок, хотя не все запросы имеют попадания). Вы читали «Примечание об использовании» ?EUtilsGet , т. Е. Были ли вы осторожны, чтобы не отправлять слишком много запросов слишком быстро? Возможно, ваш IP-адрес заблокирован…

2. Но тогда как мне записать «pubmed_data» в один файл вместо записи его в несколько файлов? И как мне позаботиться о «слишком большом количестве запросов слишком быстро»?

3. (1) мне трудно точно знать, что происходит с вашей стороны ( возможно , вы были заблокированы, не знаете, как долго это длится, или у вас может быть какой-то другой [надеюсь, временный?] сетевая ошибка). (2) запись в один файл — это действительно другой вопрос, но вы можете использовать write.table(...,sep=",",append=TRUE) ( write.csv игнорирует append аргумент!); (3) ?Sys.sleep …

4. Возможно, связано: ncbi.nlm.nih.gov/home/bulletins/https-tests.shtml