Блог

Главная - Вопросы по программированию - вызов значений из dict и изменение значений в списке

вызов значений из dict и изменение значений в списке

#python

#python

Вопрос:

У меня есть список последовательностей ДНК, подобных этому: очень маленький пример:

 > seq = ['ATGGCGGCGCGA', 'GCCTCTGCCTTG', 'CTGAAAACG']

и если вы разделите количество символов в каждой последовательности на 3, вы получите четное число.
У меня также есть этот словарь, который представляет собой кодоны и аминокислоты. 

 gencode = {
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}

Я хочу заменить каждый codn (3 символа) на его аминокислоту (ее значение в приведенном выше словаре).
результаты для небольшого примера будут такими:

 AA : ['MAAR', 'ASAL', 'LKT']

ребята, вы знаете, как это сделать?

Комментарии:

1. Вы смотрели на BioPython? Он будет делать то, что вы просите, плюс многое другое. Он также хорошо протестирован и проверен, что, вероятно, больше, чем у большинства самодельных кодов.

2. Согласен с Эндрю, есть Биография. SeqUtils.six_frame_translations , который будет делать это для всех фреймов чтения…

Ответ №1:

Вы можете выполнить одну строку с пониманием списка:

 seq = ['ATGGCGGCGCGA', 'GCCTCTGCCTTG', 'CTGAAAACG']
gencode = {
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}

res = [''.join(gencode[s[i:i 3]] for i in range(0, len(s), 3)) for s in seq]
print(res)

Вывод:

 ['MAAR', 'ASAL', 'LKT']

Ответ №2:

Конечно (возможно, есть более питонический способ сделать это, но это просто и работает):

 seq = ['ATGGCGGCGCGA', 'GCCTCTGCCTTG', 'CTGAAAACG']
gencode = {
        'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
        'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
        'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L', 'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
        'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
        'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V', 'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
        'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
        'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S', 'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
        'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_', 'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}

total_result = []
for s in seq:  # for each item
    # listcomp to decompose amp; create char list
    result = [gencode[s[i:i 3]] for i in range(0,len(s),3)]
    total_result.append("".join(result))  # append as string

print(total_result)

Результат:

 ['MAAR', 'ASAL', 'LKT']

Ответ №3:

Определите вспомогательный генератор для разделения итерируемого на фрагменты длиной 3:

 def chunks(xs, n):
    for i in range(0, len(xs), n):
        yield xs[i:i   n]

Замените каждый фрагмент соответствующей аминокислотой и сгруппируйте их вместе:

 result = [''.join(gencode[c] for c in chunks(s, 3)) for s in seq]

Это дает:

 In [1]: result
Out[1]: ['MAAR', 'ASAL', 'LKT']