Блог

Вывод программы

 MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAA
1. MARTKQTA
2.  ARTKQTAR
3.   RTKQTARK
4.    TKQTARKS 
  

и так далее, удалите все дубликаты значения с 1-м вхождением значения

 import operator
unique_kmer = {}
duplicate_kmer = {}

def printSeq(name, seq):
\print name
kmers = {}
k = 8
\window size 8
for i in range(len(seq)-k  1):
    kmer = seq[i:i k]
\ break string 1-8 char,then 2-9, 3-10 and so on
    if kmer in unique_kmer:
        continue
        
    if kmer in duplicate_kmer:
        duplicate_kmer[kmer] = ""
        del duplicate_kmer[kmer]
    else:
        unique_kmer[kmer]= name
  

с open(r»fasta file», «r») как f:

 seq = ""
key = ""
for line in f.readlines():
   
    if line.startswith(">"):
        
        if key and seq:
            
            printSeq(key, seq)
       
        key = line[1:].rstrip()
        seq = ""
    else:
       seq  = line.strip()


for k , v in unique_kmer.items():
    print(k   " , "   v)