Я работаю в среде conda с предустановленной кучей пакетов (список conda содержит 360 пакетов, множество инструментов ML и некоторые bioconda). Иногда мне нужно добавить пакет; однако я нахожу, что conda install newpackage это часто происходит очень медленно (часы или дни, потраченные на «Решение среды»), и если он когда-нибудь заканчивается, он часто предлагает обновления для пакетов, которые я действительно не хочу трогать.

Я хотел бы закрепить текущие версии некоторых основных пакетов (python, numpy, scipy и т. Д.), Чтобы conda даже не считала возможным их изменение. Это как для скорости, так и для предотвращения любых непреднамеренных обновлений. Если это означает, что определенный пакет, который я хочу попробовать добавить, не может быть установлен, все в порядке! Я бы предпочел получить быстрый ответ типа «newpackage конфликтует с вашей версией numpy», чем никакого ответа. Затем я могу решить, хочу ли я игнорировать конфликт; создать простую среду только для этого одного пакета; локальная сборка conda или что-то еще.

Как мне это сделать?

Смотрите также: https://www.anaconda.com/blog/understanding-and-improving-condas-performance (что не решило проблему)

Закрепление пакетов

Пакеты могут быть привязаны к определенным версиям в зависимости от среды. Смотрите Документацию по закреплению пакетов. Например, предположим, что мы хотим привязать numpy and scipy к точным версиям, которые у нас есть в настоящее время в вызываемом env foo . Мы могли бы обработать вывод conda list , чтобы он соответствовал ожидаемому синтаксису спецификации закрепления Conda:

 conda activate foo
conda list "^(numpy|scipy)$" | tail -n 4 | awk '{ print $1 " ==" $2 }' > $CONDA_PREFIX/conda-meta/pinned
  

Здесь следует отметить несколько моментов:

• conda list принимает регулярное выражение: используйте это в своих интересах
• tail просто пропустить заголовок
• это зависит от наличия в активированном env для определения $CONDA_PREFIX
• это перезаписывает любой существующий pinned файл

Установлено замораживание

Менее трудоемкий способ сохранить все неизменным — использовать --freeze-installed флаг. Однако в более поздних версиях Conda это используется по умолчанию в первом раунде решения. Так что на самом деле все, что делает этот флаг сейчас, — это пропустить второй раунд решения, который позволяет обновлять пакеты, которые не являются частью явных спецификаций.

Пакеты PyPI

Пакеты PyPI, установленные Pip, требуют некоторой дополнительной настройки, чтобы заставить Conda закрепить их. В частности, в файле требуется следующий синтаксис envs/<env>/conda-meta/pinned :

 numpy=1.21.4=pypi*
  

То есть укажите, что pypi должно быть в строке сборки. И для того, чтобы это соблюдалось, необходимо включить совместимость с Pip и обеспечить гибкую приоритизацию каналов:

 ## settings only for this environment
conda activate foo
conda config --env --set pip_interop_enabled True
conda config --env --set channel_priority flexible
  

Включение этого позволяет Conda рассматривать пакеты PyPI как допустимые замены для решения зависимостей.

Лично я был бы осторожен, используя это, поскольку Conda является общим менеджером пакетов, и иногда пакеты, установленные через Pip (например, yaml или wget ), не соответствуют пакету Conda с тем же именем. Следовательно, почему я использую --env в примере только для включения этого параметра конфигурации в этой среде foo.