Блог

Главная - Вопросы по программированию - Как создать график с большим количеством точек в R?

Как создать график с большим количеством точек в R?

#r #graph

#r #График

Вопрос:

У меня большой набор данных, содержащий большое количество узлов; более 25000 узлов, организованных в .csv файл. Структура похожа на следующую :

 node freq
a     3
b     2
c     5

Я хочу создать график из этих узлов, в котором ребра между узлами строятся с помощью функции freq столбца. Я использовал rgraph функцию из sna пакета, например:

 num_nodes <- length(data$node)
  pLink = data$freq/10
  # create 1 graph with  nodes and link proability, graph loops = FALSE
  graph_adj= rgraph(num_nodes,1,pLink,"graph",FALSE)
  graph <- graph.adjacency(graph_adj, mode="undirected")

Приведенный выше код выполняется в случае небольшого количества узлов, но при большом количестве узлов сеанс R прерывается со следующей ошибкой:

 Error: C stack usage 19924416 is too close to the limit

Есть ли другой способ создать график с упомянутыми свойствами: большое количество узлов и ребер создается с вероятностью?

Комментарии:

1. Вы пробовали igraph package? Обычно используется для построения сетей

2. Я попробовал, но не нашел способа создать ребра на основе freq функции

3. Сообщение об ошибке, которое вы получаете, часто является признаком бесконечной рекурсии.

4. Спасибо @TomasKalibera , проблема заключалась в вычислении вероятности, поскольку иногда она превышает 1!