#r #survival-analysis
#r #анализ выживаемости
Вопрос:
Я хотел бы (и не смог) пересчитать взвешенную оценку шиповника (уравнение (3) и приведенное ниже в этой статье), рассчитанную с помощью пакета pec.
Вот мои попытки до сих пор:
set.seed(130971)
library(dplyr)
library(survival)
library(prodlim) ## for SimSurv()
library(pec)
## generate simulated data
dat <- SimSurv(100)
## compute the apparent prediction error
Models <- list("Cox.X1"=coxph(Surv(time,status)~X1,data=dat,y=TRUE))
PredError <- pec(object=Models,
formula=Surv(time,status)~X1 X2,
data=dat,
verbose=TRUE)
## I'd like to re-calc the brier score at time 5
mytime <- PredError$time[58]
pecbs <- PredError$AppErr$Cox.X1[58]
mytime
## [1] 5.072562
pecbs
## [1] 0.2159007
## so, I need the weights for the weighted brier score
dat <- dat %>%
mutate(ipcw5 = ipcw(
##formula=Surv(time,status)~X1 X2,
formula=Surv(time,status)~1,
data = dat,
##method = "cox",
method = "marginal",
what = "IPCW.times",
times = mytime)$IPCW.times)
## I also need the predicted survival probabilities at time = 5
coxmod <- coxph(Surv(time,status)~X1,data=dat,y=TRUE)
dat <- dat %>%
mutate(risk5 = as.numeric(1-summary(survfit(
coxmod,
newdata = dat,
se.fit = F,
conf.int = F
),
times = mytime)$surv))
## and finally, I need the status at time = 5
dat <- dat %>%
mutate(status5 = ifelse(status == 1 amp; time <= mytime, 1,
ifelse(status == 0 amp; time > mytime, 0,
ifelse(status == 1 amp; time > mytime, 0,
ifelse(status == 0 amp; time <= mytime, 0, ## this is censored
NA)))))
## brier score
mybs <- dat %>%
summarize(bs = sum((status5-risk5)^2*ipcw5)/n())
## compare
pecbs
## [1] 0.2159007
mybs$bs
## [1] 0.1612572
pecbs - mybs$bs
## [1] 0.05464348
Итак, я недооцениваю показатель шиповника, когда вычисляю его вручную (в mybs
).
Мой вопрос: как я могу правильно рассчитать взвешенный показатель шиповника в некоторый момент времени t (правильно = как в pec
)?
Комментарии:
1. У меня похожая проблема. Я недооцениваю интегрированную оценку Bier в своей реализации, хотя и менее резко, чем ваша временная оценка. Мне было бы интересно, может ли ваша интегрированная оценка также быть менее предвзятой, чем временная, и нашли ли вы решение своей проблемы