#r #ggplot2 #ggally
#r #ggplot2 #ggally
Вопрос:
У меня есть большой набор данных с различными числовыми и факторными данными. Построение графика корреляции с помощью ggcorr (data) дает мне интересный график, но половина его бесполезна для меня, потому что мне просто нужно сопоставить описательные данные и данные измерений. С моими данными вместо треугольника длиной 9 будет квадрат 5 * 4. Есть ли способ сделать это? И есть ли способ добавить значения P в виде звездочек?
Короткий набор данных, похожий на мой:
State <-as.factor(c("land", "loc2", "loc2", "loc3"))
Age <- c(20, 24, 22, 49)
Education<- as.factor(c(2, 2, 3, 1))
AreaHill <- c(NA, 22, 18, 2)
AreaPlain <-c(1, 3, NA, NA)
Style <-as.factor(c("s2", "s3", "s2", "s2"))
descriptive <-cbind(State, Age, Education, AreaHill, AreaPlain, Style)
Measure1 <-c(2, 4, 2, 2)
Measure2 <-c(4, 4, 2, 5)
Measure3 <-c(2, 3, 1, 1)
Measure4 <-c(2, 1, 2, 2)
measures <- cbind(Measure1, Measure2, Measure3, Measure4)
data <- cbind(State, Age, Education, AreaHill, AreaPlain, Style, Measure1, Measure2, Measure3, Measure4)
library(GGally)
ggcorr(data)
``` Here is what I have so far
[The correlations now, as a triangle][1]
and here is what I want to have: correlations between categories, but not among them, as well as the p. value as a star (or anything else).
[The potential image with correlation between some categories but without correlation among them][2]
[1]: https://i.stack.imgur.com/a5Uib.jpg
[2]: https://i.stack.imgur.com/cLUSP.jpg
Комментарии:
1.
Stateотсутствует в вашем примере… Итак, вы хотите добавить p-значение в *-обозначении к каждому квадрату? И зачем вам нужен весь квадрат? Матрица симметрична.2. Неясно, что вы ищете. Если то, что вы ищете, является подмножеством корреляционной матрицы, вы могли бы подмножить свои данные перед вызовом
ggcorr, чтобы включить только интересующие столбцы?3. Меня интересуют все корреляции между «описательными» и «мерами», а не между собой. В итоге это будет иметь прямоугольную форму, с «описательной» на одной оси и «мерами» на другой. Это так понятно? Добавлено @Christoph State
4. Я думаю, вам нужно подмножество или создать свой собственный график.
5. Я не уверен, будет ли ggcorr работать в этом случае, поскольку он отображает все переменные в предоставленном наборе данных. Взгляните на пакет plot.matrix, найденный здесь: cran.r-project.org/web/packages/plot.matrix/vignettes/… Похоже, вам нужно будет построить свою собственную матрицу после получения интересующих вас значений корреляции. Изображение визуального факторного анализа по ссылке выше звучит примерно так, как вы описываете. Для записей «***» попробуйте ввести их в виде текста для отображения записей матрицы.
Ответ №1:
С помощью пакета plot.matrix, показанного @Jonni, можно создать корреляционную матрицу, не показывающую все комбинации
library(plot.matrix)
corr.data<-correlate(data) # make all the correlations, as before
square <-corr.data[c(2:7),c(8:11)]# cut out the ones I am interested in
square <- as.matrix(square) # it works only as a matrix
plot(square) ## now it works, when as a matrix
plot(as.cor(square), reorder = F) # plot as correlation
теперь я должен снова добавить имена строк,
rownames(square)<- c("State", "Age", "Education", "AreaHill", "AreaPlain", "Style")
plot(as.cor(square), las=2, reorder=F) ## and it gives me the plot with the correlated aspects named