Блог

Главная - Вопросы по программированию - R: правильный способ поместить library () в .Rprofile, не вызывая ошибки при установке пакета

R: правильный способ поместить library () в .Rprofile, не вызывая ошибки при установке пакета

#r #package #install.packages

#r #пакет #install.packages

Вопрос:

Раньше я помещал следующий код в .Rprofile для предварительной загрузки пакетов, которые я всегда использую

 library(tidyverse)
library(...)
...etc

Однако это стоит мне ошибок некоторое время при установке пакетов. Например:

 * installing *source* package ‘prada’ ...
** using staged installation
** libs
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG   -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include  -fPIC  -Wall -g -O2  -c inPolygon.c -o inPolygon.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o prada.so inPolygon.o -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/00LOCK-prada/00new/prada/libs
** R
** data
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.0 ──
✔ ggplot2 3.3.2     ✔ purrr   0.3.4
✔ tibble  3.0.4     ✔ dplyr   1.0.2
✔ tidyr   1.1.2     ✔ stringr 1.4.0
✔ readr   1.4.0     ✔ forcats 0.5.0

Error: [conflicted] `Position` found in 2 packages.
Either pick the one you want with `::` 
* ggplot2::Position
* base::Position
Or declare a preference with `conflict_prefer()`
* conflict_prefer("Position", "ggplot2")
* conflict_prefer("Position", "base")
...
Warning messages:
1: In install.packages(...) :
  installation of package ‘prada’ had non-zero exit status

Я могу успешно установить этот пакет после очистки me .Rprofile, но это раздражает делать это каждый раз. Мне интересно, есть ли лучший способ избежать этой проблемы. Заранее спасибо!

Комментарии:

1. Является ли один из пакетов, которые вы загружаете автоматически conflicted ? Является ли это сообщение об ошибке специфичным для установки prada ? Как именно вы устанавливаете пакеты?

2. В данном конкретном случае prada является зависимым пакетом, который устанавливается автоматически, когда я использую BiocManager::install(«…»). Я не думаю, что это характерно для «prada», поскольку я сталкивался с подобной проблемой раньше и решал ее путем временного удаления моего .Rprofile