#slurm #snakemake
#slurm #snakemake
Вопрос:
Я использую профиль Snakemake slurm с рабочим процессом, который содержит ряд правил, которые определяют threads: 24 . В кластере, на котором я работаю, всего несколько узлов с 24 ядрами, но многие с 20 ядрами. Как я могу указать (желательно в профиле) максимальное количество потоков для любого правила?
Комментарии:
1. Вы можете изменить сценарий отправки в профиле , чтобы использовать минимальное количество потоков и 20, но он не будет возвращаться в задание snakemake. Я думаю, для этого вам также придется обновить jobscript.
2. Спасибо @TroyComi, это именно то, что я в итоге сделал. Это работает, но Snakemake по-прежнему считает, что использует 24 потока. Старая система конфигурации кластера переопределяла правила Snakefile, что было полезно для такого рода вещей. Похоже, системе профилей в этом отношении немного не хватает. Выбор потоков может меняться в зависимости от входных данных, конфигурации кластера и т. Д.