#r #loops
#r #циклы
Вопрос:
У меня есть этот цикл над файлом msp.chr1
for(i in names(msp.chr1[c(7:70)])){
tmp <- rle(msp.chr1[[i]])$lengths
msp.chr1$idx <- rep(1:length(tmp),tmp)
tmp2 <- unlist(by(msp.chr1[msp.chr1[[i]]==1,], list(msp.chr1$idx[msp.chr1[[i]]==1]),function(x){tail(x["epos"],1)-head(x["spos"],1)}))
assign(paste(i, ".chr1", sep=""), as.vector(tmp2))
rm(i); rm(tmp); rm(tmp2)
}
Этот файл представляет собой фрейм данных с несколькими столбцами:
head(msp.chr1)
chm spos epos sgpos egpos nsnps PDAC1.0 PDAC1.1 PDAC10.0 PDAC10.1 PDAC100.0 PDAC100.1 PDAC101.0 PDAC101.1 PDAC102.0 PDAC102.1 PDAC103.0 PDAC103.1
1 1 123492 134160 0.12 0.13 252 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
2 1 134160 135025 0.13 0.14 20 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
3 1 135025 145600 0.14 0.15 150 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
4 1 145600 316603 0.15 0.32 195 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 1
5 1 316603 520140 0.32 0.52 765 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6 1 520140 667054 0.52 0.67 1080 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
PDAC104.0 PDAC104.1 PDAC105.0 PDAC105.1 PDAC11.0 PDAC11.1 PDAC12.0 PDAC12.1 PDAC13.0 PDAC13.1 PDAC14.0 PDAC14.1 PDAC15.0 PDAC15.1 PDAC17.0 PDAC17.1
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1
2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1
3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1
4 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
PDAC18.0 PDAC18.1 PDAC19.0 PDAC19.1 PDAC2.0 PDAC2.1 PDAC20.0 PDAC20.1 PDAC21.0 PDAC21.1 PDAC22.0 PDAC22.1 PDAC23.0 PDAC23.1 PDAC24.0 PDAC24.1 PDAC25.0
1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
2 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
PDAC25.1 PDAC3.0 PDAC3.1 PDAC4.0 PDAC4.1 PDAC5.0 PDAC5.1 PDAC6.0 PDAC6.1 PDAC7.0 PDAC7.1 PDAC8.0 PDAC8.1 PDAC807.0 PDAC807.1 PDAC810.0 PDAC810.1
1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
PDAC9.0 PDAC9.1 idx
1 0 0 1
2 0 0 1
3 0 0 1
4 0 0 1
5 1 0 1
6 1 0 1
for(i in names(msp.chr1[c(7:70)])){
tmp <- rle(msp.chr1[[i]])$lengths
msp.chr1$idx <- rep(1:length(tmp),tmp)
tmp2 <- unlist(by(msp.chr1[msp.chr1[[i]]==1,], list(msp.chr1$idx[msp.chr1[[i]]==1]),function(x){tail(x["epos"],1)-head(x["spos"],1)}))
assign(paste(i, ".chr1", sep=""), as.vector(tmp2))
rm(i); rm(tmp); rm(tmp2)
}
Но на самом деле у меня есть 23 файла с именами msp.chr1, msp.chr2, …, msp.chr23.
Я хочу добавить еще один цикл к приведенному выше, чтобы сделать это для всех файлов одновременно.
Я пробовал несколько вещей, но это не работает… По сути, каждый chr1 в моем цикле (включая в назначении) должен быть заменен на chr1 на chr23.
Можете ли вы помочь?
Спасибо,
Комментарии:
1. не могли бы вы, пожалуйста, объяснить, что такое msp.chrX? и добавить рабочий пример этого?
Ответ №1:
Вы можете сгенерировать имя файла с paste помощью , а затем получить файл по его имени с get помощью . Лучшим вариантом было бы создать эти файлы в списке, тогда вы использовали бы только j подобное df=list[[j]] .
for(j in 1:23){
df = get(paste("msp.chr",j,sep=""))
for(i in names(df[c(7:70)])){
tmp <- rle(df[[i]])$lengths
df$idx <- rep(1:length(tmp),tmp)
tmp2 <- unlist(by(df[df[[i]]==1,], list(df$idx[df[[i]]==1]),function(x){tail(x["epos"],1)-head(x["spos"],1)}))
assign(paste(i, ".chr1", sep=""), as.vector(tmp2))
rm(i); rm(tmp); rm(tmp2)
}
}
Комментарии:
1. Спасибо! Он не работает, в этом цикле все еще встречается «msp.chr1»
2. Я отредактировал, и я думаю, что это работает, проведя несколько тестов, прежде чем принять ответ!
3. Я не мог проверить это, так как у меня не было всех файлов, но я исправил пропущенное событие!