Блог

Возможно, глупый вопрос о qsub на SGE.

Я отправляю задание с помощью скрипта

 #PBS -V
#PBS -l select=1:ncpus=20:mpiprocs=20,walltime=01:00:00 
#PBS -o /path/to/out.file
#PBS -e /path/to/errors.txt
#PBS -q smp
#PBS -m ae
#PBS -M myemail@address
#PBS -P Projectname
#PBS -I
#PBS -N Job

 mpirun -np 20 mpiexecutable args input.file
  

Задача «mpiexecutable» заключается в обработке входных данных.файл, чтобы минимизировать его параметры, а затем записать их на ввод.снова файл.

Моя работа выполняется. Но ввод.файл остается неизменным. Я думаю, что есть либо

1) Что-то отсутствует на моем ПУТИ, или

2) Какая-то другая причина, по которой кластер не будет записывать данные в input.file.

Для устранения неполадок мне нужно знать:

1) Как мне узнать, где выполняется задание (т. Е. Какой путь находится там, где выполняется задание — должно быть таким же, как и любой путь в рабочем каталоге, конечно?) 2) Как мне узнать, куда выполняется запись задания?

Большое спасибо за вашу помощь!

Я только что добился некоторого прогресса! Я думаю, что лучший способ ответить на подобный вопрос — это четко указать, где выполняется и записывается задание, где найти исполняемые файлы и входные данные и т.д.

Имея это в виду, мой новый сценарий отправки:

  #PBS -V
 #PBS -l select=1:ncpus=20:mpiprocs=20,walltime=01:00:00 
 #PBS -o /path/lfor/out.txt
 #PBS -e /path/for/errors.txt
 #PBS -q smp
 #PBS -m ae
 #PBS -M email@address
 #PBS -P Project-name
 #PBS -I
 #PBS -N Job

 module load importantmodules

 SRCDIR=$SCRATCH/my_project/code

 cp my_input_params.inp $RUNDIR

 RUNDIR=$SCRATCH/my_project/run-${PBS_JOBID/.*}

 mkdir -p $RUNDIR

 mpirun -np 20 $SRCDIR/mpiexecutable args < my_input_file.inp
  

Я еще не пробовал это делать, но я скрещиваю пальцы, чтобы убедиться, что это работает. Я получил несколько отличных указаний для улучшения сценария отправки, подобного этому, с этого веб-сайта: https://wikis.nyu.edu/display/NYUHPC/Writing and submitting a job — content

Давайте продолжим! Теперь я чувствую себя немного менее потерянным