#python #linux #pycharm #survival-analysis
#python #linux #pycharm #анализ выживания
Вопрос:
Я пытаюсь запустить анализ выживания на python (pycharm) в Linux, вот часть кода
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
#matplotlib inline
import pandas as pd
from sklearn.impute import SimpleImputer
from sklearn.pipeline import make_pipeline
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sksurv.datasets import load_flchain
from sksurv.linear_model import CoxPHSurvivalAnalysis
Я получаю сообщение об ошибке «Ошибка ModuleNotFoundError: нет модуля с именем ‘sksurv'», я перепробовал все, но ничего не работает.
Комментарии:
1. Что такое «все»? Вы уверены, что он установлен?
2. Я установил требования Python 3.5 или более поздней версии cvxpy cvxopt joblib numexpr numpy 1.12 или более поздней версии osqp pandas 0.21 или более поздней версии scikit-learn 0.22 или 0.23 scipy 1.0 или более поздней версии C / C compile
3. Вам не нужно устанавливать зависимости отдельно, при установке он автоматически установит необходимые зависимости. Здесь говорится, что вам также необходимо установить gcc. Вы это сделали?
4. Сначала попробуйте установить CMake , затем запустите повторно
pip install scikit-survival
.osqp
требуется CMake, так что, вероятно, это и является причиной ошибки.5. Хорошо, я опубликую ответ, чтобы другие, кто столкнулся с этой проблемой, могли знать, что это сработало
Ответ №1:
Необходимые зависимости для scikit-survival
,
-
cvxpy
-
cvxopt
-
joblib
-
numexpr
-
numpy
1.12 или более поздней версии -
osqp
-
pandas
0.21 или более поздней версии -
scikit-learn
0.22 -
scipy
1.0 или более поздняя версия
… будет автоматически установлен pip
при запуске:
pip install scikit-survival
Однако, в частности, один модуль osqp
, , имеет CMake в качестве одной из своих зависимостей. Если у вас не установлен CMake, pip install scikit-survival
появится сообщение об ошибке, и установка завершится неудачно.
Вы можете загрузить CMake для своей ОС по адресу cmake.org/download
После установки CMake вы сможете успешно запустить
pip install scikit-survival
Примечания:
- Также необходимо установить GCC
scikit-survival
работает с Python 3.5 или выше- Дополнительная информация доступна в документации