Блог

Главная - Вопросы по программированию - ошибка тепловой карты при реализации as.matrix

ошибка тепловой карты при реализации as.matrix

#r

#r

Вопрос:

Когда я использую функцию тепловой карты для создания тепловой карты набора данных, я получаю сообщение об ошибке, я попытался:

 df1$family <- substr(as.character(df1$gene_id), 1, nchar(as.character(df1$gene_id))-2)
df01<-df1$family
df01m<-as.matrix(df01)
heatmap(df01m)

Я получаю эту ошибку:

 Error in heatmap(df01m): 'x' must be a numeric matrix
Traceback:

1. heatmap(df01m)
2. stop("'x' must be a numeric matrix")

Набор данных большой, поэтому я сократил его часть:

 structure(list(gene_id = structure(6:11, .Label = c("__alignment_not_unique", 
"__ambiguous", "__no_feature", "__not_aligned", "__too_low_aQual", 
"ENSG00000000005", "ENSG00000000419", "ENSG00000000457", "ENSG00000000460", 
"ENSG00000000938", "ENSG00000000971", "ENSG00000001036", "ENSG00000001084", 
"ENSG00000001167", "ENSG00000001460", "ENSG00000001461", "ENSG00000001497", 
"ENSG00000001561", "ENSG00000001617", "ENSG00000001626", "ENSG00000001629", 
"ENSG00000001630", "ENSG00000001631", "ENSG00000002016", "ENSG00000002079", 
"ENSG00000002330", "ENSG00000002549", "ENSG00000002586", "ENSG00000002587", 
"ENSG00000002726", "ENSG00000002745", "ENSG00000002746", "ENSG00000002822", 
"ENSG00000002834", "ENSG00000002919", "ENSG00000002933", "ENSG00000003056", 
"ENSG00000003096", "ENSG00000003137", "ENSG00000003147", "ENSG00000003249", 
"ENSG00000003393", "ENSG00000003400", "ENSG00000003402", "ENSG00000003436", 
"ENSG00000003509", "ENSG00000003756", "ENSG00000003987", "ENSG00000003989", 
"ENSG00000004059", "ENSG00000004139", "ENSG00000004142", "ENSG00000004399", 
"ENSG00000285989", "ENSG00000285990", "ENSG00000285991", "ENSG00000285992", 
"ENSG00000285993", "ENSG00000285994"), class = "factor"), expr = c(6L, 
754L, 447L, 426L, 5L, 1L)), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")

заголовок набора данных:

         gene_id         expr
           <fct>       <int>
1   ENSG00000000005     6
2   ENSG00000000419     754
3   ENSG00000000457     447
4   ENSG00000000460     426
5   ENSG00000000938     5
6   ENSG00000000971     1

Ответ №1:

Ошибка показывает, что нам нужно числовое matrix значение. substr Функция возвращает character строку. Итак, мы можем преобразовать substr ing vector в numeric 

 df01m <- as.matrix(as.numeric(df01))

Другая проблема заключается в том, что heatmap требуется matrix , по крайней мере, 2 строки / 2 столбца. Здесь as.matrix преобразуется vector в один столбец matrix , и это может не сработать

Комментарии:

1. @user432797 это происходит, когда есть нечисловые элементы, т.е. as.numeric(c('1', '3', 'hello'))

2. @user432797 для тепловой карты требуется числовая матрица. Если gene_id это первый столбец, преобразуйте data.frame в matrix with gene_id в качестве имен строк

3. @user432797 я проверил ваши новые обновленные данные. Возвращается substr substr(as.character(df1$gene_id), 1, nchar(as.character(df1$gene_id))-2) [1] "ENSG000000000" "ENSG000000004" "ENSG000000004" "ENSG000000004" "ENSG000000009" "ENSG000000009"

4. @user432797 вы могли бы использовать geom_tile from ggplot , но для этого требуется еще один столбец, т.е. ggplot(data = df1, aes(x = gene_id, expr )) geom_tile()

5. @user432797 вы можете использовать в fill качестве второго столбца