Блог

Когда я import Bio в записной книжке Jupyter в Anaconda на Mac, я эту ошибку: No module named 'Bio' .

Каким-то образом настройки импорта странно чувствительны к регистру. Это исправит это:

 # Installing the biopython libraries in this runtime environment
!pip3 install biopython==1.78
  

 # The next two lines fix the error "No module named 'Bio'"
# that occurs with an Anaconda Navigator installation on OSX
# by making python imports case insensitive
import os
os.environ['PYTHONCASEOK'] = '1'

# On to regularly scheduled imports.
import Bio
  

Дальнейшие эксперименты показывают, что другие перестановки не будут работать как в Google colab, так и в Jupyter; и я не уверен, почему:

Я провел несколько экспериментов с этим, и после удаления всех вариантов bio и biopython (просто чтобы убедиться, что они на самом деле не были установлены) я обнаружил, что

 !pip3 install bio
import bio
  

работает на anaconda, но не на Google colab. Если I import Bio с большой буквы B, это не работает ни на одном из них.

 !pip3 install bio
import os
os.environ['PYTHONCASEOK'] = '1'
import Bio
print("All's well")
  

работает на Jupyter, но выдает ошибку «ModuleNotFoundError: нет модуля с именем ‘Bio'» в collab. Импорт нижнего регистра bio ведет себя так же.

 # Solution that works on both colab.google.com and 
# Anaconda Navigator Jupyter notebooks
!pip3 install biopython
import os
os.environ['PYTHONCASEOK'] = '1'
import Bio
  

работает для Anaconda Jupyter и Google Colab. Если вы измените регистр на ‘import bio’, он перестанет работать в Google.