Блог

Если я загружу MASS пакет:

 library(MASS)
  

затем загрузка пытается запустить dplyr::select , я получаю сообщение об ошибке:

 library(dplyr)
mtcars %.%
select(mpg)

# Error in select(`__prev`, mpg) : unused argument (mpg)
  

Как я могу использовать dplyr::select с MASS загруженным пакетом?

Как сказал Паскаль, работает следующее

 require(MASS)
require(dplyr)
mtcars %>%
   dplyr::select(mpg)
  

Это случается со мной чаще, чем я должен признать. dplyr конфликтует с MASS::select , plyr::summarise и stats::filter среди прочего, особенно при загрузке пакетов, которые загружают одну из этих библиотек через library (они не должны, но некоторые все еще делают) или когда вы загружаете dplyr в свой .Rprofile (не делайте!).). И это может привести к довольно неясным проблемам, не всегда сообщению об ошибке, особенно конфликтам с. plyr

Я только недавно узнал об этой conflicts() функции. Это полезно, но конфликты «чрезмерных отчетов» возникают, когда два пакета имеют идентичные функции, например, tidyr:: %>% и dplyr:: %>% .

Итак, я написал функцию, чтобы сообщить мне, схожу ли я с ума или на самом деле существует конфликт, вызывающий текущую ошибку. Он не только проверяет наличие конфликтов, но и проверяет, является ли определенный желаемый пакет тем, который находится «сверху», и действительно ли тела функции отличаются.

Она делает это для dplyr по умолчанию, но вы можете указать другой пакет, используя want_package параметр. Например, я часто сталкиваюсь с recode и alpha , которые повторно используются во многих пакетах.

Использование просто: amigoingmad() .

По умолчанию он также автоматически «исправит» ситуацию, если dplyr не находится «на вершине», используя следующие команды:

 detach("package:dplyr", character.only = TRUE)
library("dplyr", character.only = TRUE)
  

Обратите внимание, что функция сообщит, если указанная пользователем функция блокирует dplyr, но не исправляет это автоматически в целях безопасности (в этом случае просто удалите функцию).

На данный момент это решение не вызвало у меня никаких проблем. Конечно, я бы не стал выступать за использование этого в производственном коде, но когда вы отлаживаете .Rmd файл и, возможно, случайно перепутали порядок загрузки, это быстрый способ выяснить.

Если вы хотите, чтобы это было в пакете:

 devtools::install_github("rubenarslan/rcamisc")
  

Если вы загружаете сначала MASS библиотеку, а затем dplyr

 library (MASS)
library (dplyr)
  

тогда первой версией select функции в вашем сеансе searchpaths () будет версия в dplyr библиотеке.

Следовательно

 select(mtcars, mpg)
  

будет работать как

 dplyr::select(mtcars, mpg)
  

Другие решения, перечисленные здесь, могут решить вашу непосредственную проблему, но критически не работают: они не могут сообщить вам о конфликтах, которые неизвестны заранее. Например, я только что обновил некоторый старый код и обнаружил, что в трех пакетах, которые я использовал, у каждого есть summarize команда.

Элегантным решением является загрузка conflicted пакета в каждом сеансе / скрипте, поскольку он:

• генерирует информативные сообщения об ошибках всякий раз, когда возникают конфликты пространств имен
• предлагает явную функцию conflict_prefer() для назначения приоритета пространства имен
• не требует более громоздкого package::function() синтаксиса

Смотрите Пример кода ниже частично из https://github.com/r-lib/conflicted

 # install package
install.packages("conflicted")

# example of how to start load packages at start of your script
library(dplyr)

library(conflicted)
conflict_prefer("select", "dplyr")
conflict_prefer("filter", "dplyr")
  

Ниже приведен пример, как если бы вы запускали library(conflicted) при запуске, но не указали, какой пакет получает приоритет для filter :

 # WITHOUT conflict_prefer("filter", "dplyr")
# example of informative error message

filter(mtcars, cyl == 8)

#> Error: [conflicted] `filter` found in 2 packages.
#> Either pick the one you want with `::` 
#> * dplyr::filter
#> * stats::filter
#> Or declare a preference with `conflicted_prefer()`
#> * conflict_prefer("filter", "dplyr")
#> * conflict_prefer("filter", "stats")
  

Ниже приведен пример с library(conflicted) и conflict_prefer("filter", "dplyr") :

 # WITH conflict_prefer("filter", "dplyr") as suggested at top
# R knows to assign priority 

library(conflicted)
conflict_prefer("filter", "dplyr")

filter(mtcars, cyl == 8) %>% head(2)
#    mpg cyl  disp  hp drat   wt  qsec vs am gear carb
# 1 18.7   8 360.0 175 3.15 3.44 17.02  0  0    3    2
# 2 14.3   8 360.0 245 3.21 3.57 15.84  0  0    3    4
  

Как и в приведенном выше комментарии KFB, одно простое решение, которое я нашел, заключается в:

1. загружайте свои пакеты
2. не беспокойтесь о порядке (что может быть сложно с зависимостями)
3. назначьте приоритет тому пакету, который вы предпочитаете «владеть» пространством имен:

 select <- dplyr::select

filter <- dplyr::filter
  

Например, посмотрите, как environment: namespace изменяются следующие изменения:

 library(MASS)
select

  function (obj) 
  UseMethod("select")
  <bytecode: 0x7fbe822811b8>
  <environment: namespace:MASS>  # from MASS::select() <---------

select <- dplyr::select
select

  function (.data, ...) 
  {
      UseMethod("select")
  }
  <bytecode: 0x7fbe7c4a2f08>
  <environment: namespace:dplyr> # now dplyr::select() <---------
  

После того, как я попробовал множество альтернатив, у меня сработало удаление MASS и его повторная установка.